其實這部警匪劇的劇情還是挺簡單的，主要講的是主角潛入大毒梟頌帕善的販毒集團當中，各方面的天羅地網布下，企圖將頌帕善繩之以法的故事。
從而在這段時期內，為了抓捕頌帕善，雙方鬥智鬥勇，所發生的一系列故事。
對的，這部電影雖然名叫《巨梟》，但是主角其實並不是吳罪飾演的頌帕善，而是一個警察。
主角名叫盧正義，為人正直，沉著冷靜，心細如髮，父親也是一名緝毒警察，只不過在盧正義很小的時候，他的父親就因公殉職了，隨後盧正義便在媽媽的獨自撫養下長大，長大後毅然決然考入了警校，然後繼承父親的警號，也成為了一名緝毒警。
因為父親的死，他發誓，一定要將亞三角地區的頌帕善，也就是當年害得自己家破人亡的罪魁禍首繩之以法。
所以，他毅然決然接下了組織的任務，開始了危險的臥底生涯。
首先最難的就是如何混入頌帕善集團的視線當中，因為只有進入到頌帕善集團的視野，他才有可能進入這個集團。
於是，盧正義最終選擇的路線是，先透過一個常常與頌帕善集團的一個小弟接觸的風塵女，然後與其接觸之後搭上線，從底層混入頌帕善集團其中。
這個計劃在初期的時候，進行的也十分完美，盧正義很快就取得了風塵女的信任，並且逐漸搭線上了那個頌帕善集團的小弟，再其面前裝了一波毒癮犯了，說自己想要弄些貨來賣。
然後，他就被引進了頌帕善集團的話外圍。
這個過程，大概持續了好幾個月。
盧正義步步為營，終於還是取得了頌帕善集團的一絲信任，成功打入集團內部，而不是僅僅侷限於外圍。
可是，正當他進入頌帕善集團內部之後，發現了很詭異的地方。
整個頌帕善集團內部，採用的都是分批管理的方法，誰知道的東西都不多，大家知道的都十分有限。
而且裡面觸目驚心的是，在頌帕善集團亞三角當中的秘密總部之中，被豢養了很多的童子兵。
那些八九歲的孩子，一個個提著AK和武器，臉上長滿了毒瘡和梅毒上臉的病瘡。
這裡的這些童子兵裡面，艾滋病氾濫成災，大家以命取樂。
可是盧正義卻並沒有見過頌帕善的存在。
彷彿這個人壓根就不存在一般，反而是一個叫坤猜的人，才是這裡的主話事人，負責大宗的毒品交易。
這不僅讓盧正義疑惑。
那個令整個亞太地區都聞風喪膽的大毒梟，頌帕善，到哪去了？
要不是情報的準確性可以保證，怕不是盧正義都以為自己進錯窩點了。
為了探尋真像和挖出大魚，盧正義就在這裡面，開啟了自己的臥底生涯，每天忍辱負重，還得閉著眼睛對於其中的一些慘狀和發生的悲劇視若無睹。