十二號醒來以後，在科尼堡壘待了很久，他一邊在堡壘裡用著簡單的醫療器物療傷，一邊幫助堡壘裡的倖存者尋找物資，重新修建城牆，抵抗外面那些變異者。
零零碎碎的記憶在腦子裡不斷閃爍，而當修復完所有傷痕之後，這個少年也終於想起了一切。
他是在爆炸中死亡的。
自爆，為了讓重要的人能夠成功離開。
而那個重要的人……
——十一號。
但是少年並不知道十一號在哪裡，他的記憶停留在自爆死亡的時候，至於為什麼會在沙漠中醒來，他卻沒有任何頭緒。
聽科尼堡壘的人說，大陸分成了東西兩個地區，東部的領導者是實驗室，十一號絕對不會在實驗室，因此，也許她在西區。
所以少年去了西部十三區。
但西部的情景並沒有他想象中那麼好。
變異怪物肆虐，城市被毀。
那些被給予基因藥的異能者，很多人都在擁有力量以後變得狂躁起來。
少年喝了一口，用大腦分析著它的成分。
藥水中含有一種能夠影響他們思維情緒的因子，所以他們忘記了“初心”，壓迫起曾經想要保護的人，但也有克服了這種因子的人類，不僅獲得了力量，同樣堅守了初心。
於是少年帶著他們建立起了新的基地，同位於西部第十四大區的倖存者們打出了一條生路，收回西部了大部分的城市。
西部的變異怪基本上都受著零六號的控制，朝著東部前進，十二號在沙漠中偶遇了駕駛機甲大軍的時柳。
青年驚訝於少年的存在，但暫時來不及通知凌漆，便和他一起同其他異能者們一起駕駛機甲趕往了東部十五區。
博士曾經派去機械城的獵人們都被諾亞方舟的眾多軍隊消滅，因此拿機械城的眾人威脅景書是根本不可能的事情。
因此景書和凌漆演了一場戲，使博士稍微信任景書，轉移視線，方便少年暗中在實驗室大樓佈置了傳送裝置。
至此，一切有關於實驗室的痕跡終於消失在了塵世。