之所以留下宮野明美當灰原哀的姐姐，是因為艾蓮娜有一個非常重要的計劃要完成，需要從組織裡“消失”很長時間。
這段時間，宮野明美會代替艾蓮娜照顧灰原哀，直至長大成人。
只是艾蓮娜錯誤估計了宮野明美在灰原哀心目中的地位。
即便是得知了明美並非自己的親姐姐，灰原哀依然感念姐姐為自己做的一切。
這促使灰原哀解除了洗腦狀態下的異常人格，恢復了正常。
“志保！”
“你在做什麼？”
艾蓮娜掙扎著扶著桌子，想要站起來，但雙腿的關節卻因為無力而顫抖。
“boss已經選中你們兩個成為新世界的主人，你們的序列是最高的！”
“不要忘記你的使命！”
艾蓮娜還試圖喚回灰原哀的另一個人格。
灰原哀立即轉過身去，不想再聽。
柯南主動擋在灰原哀身前，雙手插兜，義正辭嚴地道：“即便那是你所謂的至高無上的地位，我也不想擁有。”
“更不想作為身體裡那份罪惡血脈的傳承者……”
柯南從灰原哀的口中，也已經得知了組織的真正計劃。
利用APTX系列藥物來確定全人類的序列，也即新世界的秩序。
而柯南和灰原哀，二人都是boss的血脈後裔，是boss經過長期觀察後，挑選出來的完美基因。
boss有過許多後代，但這些後代的基因都沒有柯南和灰原哀這麼完美無缺。
數月前，那時候的柯南還作為工藤新一，為什麼剛好在多羅碧加樂園約會的時候碰到黑暗組織與人交易的名場面？
為何琴酒隨身攜帶“新藥”，並且在工藤新一的身上試驗？試驗後還不確認死亡？
為何當初在灰原哀的實驗室裡，恰好有一隻小白鼠服用了APTX4869卻存活了下來？
這直接導致了灰原哀發現APTX4869的“偶發性”副作用，從而注意到了工藤新一這個特殊存在。
一切的真相就是在那天晚上，某人用一隻幾乎相同、只是器官縮小了一些的小白鼠替換掉了飼養箱裡原本已經死亡的那隻。
那個人，正是琴酒。