在原本的歷史上，兩廣總督熊文燦因楊嗣昌的舉薦，於崇禎十年擔任兵部尚書一職，並代王家禎總理南畿、河南、山西、陝西、湖廣、四川軍務，並於次年招降張獻忠、劉國能，但因崇禎十二年時，張獻忠降而復叛，獻營席捲湖廣，熊文燦的功勞變成了罪名，被錦衣拿入詔獄後，與崇禎十三年被斬首棄市。
現在的熊文燦卻依舊是在兩廣總督的位子上活得好好的，雖然政績並不突出，但因當年曾先後招降劉香和鄭芝龍，加上沒什麼大錯，所以朱由檢並沒有派人替換他。
但既然要取消兩廣總督這個職位，總得給熊文燦找個地方吧？若是改任巡撫，那就等於降級使用，這對於沒犯什麼錯誤的熊文燦來講，確實有點不公平，並且也會引起朝臣們的不滿，可是把他安置在哪裡合適呢？
廣西巡撫李德範倒是好說，朱由檢雖然一直不曾關注過他，但隱約記得李德範年歲已高，那就給他個榮銜致仕就好。
“免去熊文燦兩廣總督一職，改任漕運總督，加東閣大學士銜；免去李懷普漕運總督一職，改任廣西巡撫、右副都御使銜。
廣西巡撫李德範以禮部侍郎銜致仕歸家。
廣西行省減免三年錢糧自用！
新軍以一萬人徵募，糧餉待遇與全軍同！
新軍名為蕩虜營，以勇衛營副總兵黃震為蕩虜營總兵官，旗下將官由兵部會同五軍都督府選派！”
稍作思索後，朱由檢下達了相關旨意。
李懷普就任漕運總督已有四年之久，在朱由檢的授意下，漕運總督衙門進行了較大幅度的改革，漕運制度由原先的類似於自負盈虧、只靠著夾帶度日傳統坑人體制，轉變成為除卻完成漕糧等重要物資運送外，漕運也無面向市場全面放開收費的模式。
這一重大政策變革，讓二十幾萬漕軍及其人數眾多的家眷個個歡欣鼓舞，短短一年之後，大部分窮困已極的漕軍家庭，日子以肉眼可見的速度變好了起來，漕船的效率也得到巨大的提升，運河及其他河道的貨物運輸量也出現了井噴式的大發展。
漕運改革簡單來說，就如同後世國有運輸公司大部分資產變為個人所有一樣，留下來的漕軍按月計薪，大部分漕軍連同船隻轉為個人運營。
在朱由檢的授意下，這部分人只是象徵性的繳納了一點錢糧作為了購船費用。
朱由檢認為，就算這是所謂的“國有資產”流失，但這種流失，得利的是廣大下層民眾，並非極少數人趁機從中獲取巨大利益，所以他並未覺著哪裡不對。
漕軍們的悲慘境遇，朱由檢早就派人調查的一清二楚，而漕運改革，正是基於讓廣大底層百姓過上好日子的想法。
李懷普在整個漕運改革過程中表現出來的強硬和睿智讓朱由檢十分欣賞，對他就任廣西后的作為也充滿了期待。