分管制度確立之後，各部寺主官每日都要親自到內閣，向分管閣臣彙報相關事務，然後分管閣臣們按事情的輕重緩急列出處置方略，在每日上午的閣臣會商中向首輔提出建議和處置方案，然後由首輔匯總票擬送達司禮監，由內廷根據提出相關意見和建議並批紅，最後交於皇帝聖裁。
如果司禮監在某些事情處置方案上提出與內閣不同的意見，而皇帝也會因為雙方意見相左而吃不準的時候，則會將相關人等召集到一起，當面陳述各自的理由和主張，經過辯論，最終由皇帝選擇利大於弊的方案予以實施。
由於所涉及到朝廷大政方針的決策時，參與其中的人數眾多，所以從根源上杜絕了有人試圖欺上瞞下這種事例的發生，也會最大程度上防止權臣的產生，並且所有大事的最終決定權都在皇帝手中，也避免了皇帝被架空的狀況發生，使得整個朝政的流程更加順暢和透明。
朱由檢還要準備實施一項新政改革早朝以及各衙門的上值時間。
大明的早朝制度有點太不人道。
按照傳統，有資格上早朝的官員們必須在凌晨丑時，也就是凌晨三點左右起床，收拾停當後出門，然後穿越半個京城，於寅時末，也就是早晨五點以前趕到午門外，等到午門上的鼓敲起，官員們按照品級排好隊，在卯時正的鐘聲敲響後，宮門開啟，百官依次進入，過金水橋後在太和殿外的廣場上整隊，等候參見皇帝。
而現在朱由檢穿越時的前身崇禎帝更是一位最為勤奮的帝王，比太祖朱元璋猶有過之。
崇禎帝登基之初便立志做一箇中興之主，每天夙興夜寐，有時為了批改奏本甚至通宵達旦，並且每逢早朝必臨，然而就是這樣的工作態度下，大明最後還是亡了。
朱由檢一想到在極為寒冷的冬天，這些四品以上的大臣們在正值酣睡的凌晨，便要從熱被窩裡鑽出來準備上朝，心裡邊都替他們感到不爽，同時更是為崇禎帝感到深深地遺憾。
這具身體的前身究竟是具備多大的毅力和恆心，才十幾年如一日的如此堅持，難怪他在遺詔中痛罵那些大臣：“皆諸臣誤朕”。當他付出如此之多後，臨了還是沒有守住祖宗留下的江山社稷，換了誰，心中會沒有極深地怨念呢？
雖說朱由檢穿越後已經取消了日常的早朝，但每月初一、十五兩日的朔望大朝卻是沒法取消，再加上每年正旦、冬至和皇帝生日的大朝會，這林林總總算起來，每年還是有不少時日需要他強忍不適、被迫起床應付公事。
其實想想這種朝會根本沒必要，尤其是朔望朝，大家忙活半天后只為了向皇帝問一聲早安，那些低品級的官員甚至連大殿都進不去，只能站在臺階上遠遠地看一眼皇帝，至於看不看得見還是另一說呢。
既然無法取消，那就改時間吧。
從即日起，朔望正旦等大朝會，時間全部改為辰時中，也就是後世的八點，各署衙上值時間也改為相同時間。
這種改變肯定會得到官吏們的一致好評。都是正常人，尤其是冬日，誰還不貪戀個熱被窩呢？
衙門辦公時間的改變並不會耽誤大事。
大明署衙夜間均有值夜的官吏，一旦有緊急事件發生，這些值夜的官吏自然會根據情況向上層層稟報，最後直到值夜的閣臣手中，然後由其決定是否連夜送達宮內讓皇帝知道。
而日常辦公時，並沒有什麼事情緊急到非要在天亮的時候辦好，那何必非要點卯？辰時中上值啥事也耽擱不了。
“啟稟皇爺，溫閣老請見！”
一名小太監的稟報聲打斷了朱由檢的思緒。