只有將這些大佬們北遷，之後任用自己中意的官員掌控府縣，政商合一的東林集團才會沒了根本，勢必會逐漸消亡。
至於新的利益集團的誕生，在嚴格的監督機制制約下，很難再達到現在東林黨集團的規模和危害。
南京政府北遷的打算朱由檢誰都沒告訴，包括負責施工的外戚們，營造房舍也是打著京城擴建的旗號進行的，就算有人懷疑，也絕不會想到皇帝將來會有如此驚人之舉。
解散南京政權的想法肯定會受到京城重臣們的一致歡迎。對於南京政府這樣一個超然的存在，朝臣們心裡早就厭煩無比，但同時又無可奈何，因為大明自成祖一下的歷代帝王，雖然也有對南京不滿，但始終缺乏勇氣和魄力來打破這個朝廷的枷鎖。
南京各部寺的同仁們對朝廷的某些行文政策根本不屑一顧，無數次的直接打臉京城朝廷，擺出一副不服來乾的囂張嘴臉。
只要朝廷打算懲處南京某一位部司高官，那就等於捅了馬蜂窩，立刻會有無數的彈章直送京城，各種謾罵攻擊隨之而來，最終京師重臣們不得不捏著鼻子收回承命。
至於兩京各部司合併後的各級主官人選，當然要採取北重南輕的方法，南京來的全部副之，但名稱上並未改變，大家都是重臣，最起碼的面子還是要給的，但裡子就算了。
朱由檢打算採用新的官制：設立左右尚書。
比如吏部，現任吏部尚書周雲將會成為左尚書，將來合併過來的南京吏部尚書當然為右尚書，官職都是尚書，但在以左為尊的時代，大家都會明白誰說了算。
左右侍郎分別也是兩人，原先朝廷的左右侍郎全部為左侍郎，南京過來的兩個都是右侍郎。
明年南京政府北遷就先拿吏部下手，然後兵部、戶部、督察院這些重要部司一個一個來。
在朱由檢的計劃中，明年如果對建州的戰爭取得決定性成果後，南京的四十九個衛所就沒有存在的必要了，他會下旨裁撤全大明的衛所，取消軍戶制度，所有軍戶轉為民戶。
在內憂外患基本消除的情況下，名存實亡的衛所制已經沒有存在的必要。
軍戶們兩百年來受到的剝削與種種限制將會徹底廢除，各地衛所的土地在經過丈量後分派給每個軍戶家庭，就依照孫傳庭在西安那套方法施行，給衛所高官保留一定數額的田地，其餘的分產到戶，然後輔以各種政策的的支援。
軍戶們由佃租上官的田地，變為擁有屬於自己的田地，這將會使得全國大量軍戶的生產熱情得到最大程度的釋放，極大的提高全大明的糧食產量。尤其是物產豐富的江南一帶，單單南京四十九個衛所就佔用了數千萬畝田地，而這些田地的產出大都歸屬於衛所的各級將官，軍戶們辛苦一年所得也僅只裹腹而已。
實際上早就有大批的軍戶打破了朝廷名義上的限制，暗地裡從事各種產業，已於普通民戶無異，衛所的將官們除了名號以外，與地主土豪沒什麼區別。
取消衛所制、均分田地等等策略，與後世的打土豪分田地本質是一樣的，只不過是主導者變成朝廷而已，手段相對來說可能會比較柔和。
只要衛所將官們識時務，那一切都好說，若是有人敢聚眾鬧事，西安左衛就是最好的例子。
關於衛所裁撤改革一事，朱由檢準備交給孫傳庭來做。孫白谷在這方面已經頗有心得，加上其殺伐果斷的性格，更有自己為其背書站臺，相信幾年之內就能徹底解決這個大明頑疾。
北遷政策肯定會遭到部分南京官員士紳們的強烈反對和抵制，這些人精們肯定一眼就會看出朱由檢的目的，對於這種毀其根本的做法，這夥既得利益者哪會善罷甘休。