順治三年（隆武二年、1646年）五月，滿清徵南大將軍貝勒博洛乘虛突破錢塘江，紹興、杭州、義烏、金華等城相繼失守，南明宗室樂安郡王、楚親王、晉平郡王在金華殉國。
魯王則在石浦守將張名振護衛下自台州出海到達舟山，張煌言隨即趕回鄞縣故里，與老父、繼母、妻兒子女灑淚訣別，追隨魯王一行至舟山。
但舟山總兵、隆武帝所封肅虜侯黃斌卿卻拒絕接納，魯王只得逃往福建長垣。不久，魯王去廈門，張名振留舟山待機。張煌言與張名振待局勢稍定後，重返浙東與舟山地區，組織招募軍隊。而張煌言被魯王加授右僉都御史之職。
順治四年（永曆元年、1647年），滿清蘇松提督吳勝兆欲在蘇州反正，起事前聯絡定西侯張名振支援。張煌言勸張名振援吳勝兆，張名振遂命張煌言為監軍，徐孚遠副之。
於四月六日自岑江出發。不料四月十三日在崇明島外遇風暴而大敗。總督浙直水師戶部左侍郎沈廷揚、總兵蔡聰等將領十餘人上岸後被滿清韃子俘獲，於七月三日就義。
而張煌言也因颶風吹翻船舶，陷入清軍之手七天，後來找到機會逃出到了海上。在途經黃岩時，又被追趕的清軍包圍並以箭射之，張煌言率領數騎突出包圍，自此他更加努力練習騎射。
並在浙東招募集結軍隊於上虞縣平岡寨屯田拒守。當地的多個山寨經常劫掠民眾，唯獨張煌言與王翊讓他們的部下不要擾民，深得百姓擁護。
順治十年（永曆七年）八月，張名振和監軍兵部侍郎張煌言帶領五六百艘戰船向北進發，來到長江口的崇明一帶沙洲。崇明城中的清軍兵力有限，不敢出戰，被圍長達八個月。
順治十二年（永曆九年），張名振與張煌言合兵三入長江，抵燕子磯，因兵力單弱，無功而返；於是會同鄭成功、甘輝、陳六御等收復舟山。
順治十五年（永曆十二年），永曆帝封鄭成功為延平郡王，張煌言為兵部左侍郎。同年清軍進至雲貴，鄭成功、張煌言進軍浙江，攻克樂清、寧海等地，在羊山遭遇颱風，損戰船百餘艘，漂沒戰士八千餘人，被迫撤回廈門。
順治十六年（永曆十三年），張煌言與鄭成功一起再次率軍入長江作戰。先佔領崇明。後於六月一舉攻佔瓜洲。攻克瓜洲後，張煌言所率軍一萬，舟百艘西行攻克儀真，並進軍六合，沿途受到沿江民眾的熱烈歡迎。
張煌言於七月七日率軍趕到蕪湖，後兵分四路，分道攻城略地，且在沿途“移檄諸郡縣”，張貼文告。許多故明降清的舊官吏，見到文告，紛紛倒戈，“於是太平、寧國、池州、徽州、廣德及諸屬縣皆請降”，使義軍很快便收復了四府、三州、二十四縣，城池近三十座。
“來人止步，這裡是軍營重地。”突然的喊話聲，拉回朱慈煊發散的思緒，他抬頭一看，原來不知不覺來到一座規模宏大的軍營。
只聽前方的沐忠亮，道：“還不快去通傳，太子殿下要見延平王。”
“啊！太子殿下來了。”為首一位將領模樣的人一驚，連忙小跑來到朱慈煊馬前，單膝跪地，抱拳行禮道：“延平王麾下把總鄭福參見太子殿下。”
朱慈煊翻身下馬，上前虛扶，道：“鄭把總請起，我來拜見延平王殿下，還請通稟。”
“是，請太子殿下稍等，小人這就通傳。”鄭福再施一禮，掉頭飛快向軍營內跑去。
大約一刻多鐘，朱慈煊見營內快步走出數名明軍將領，為首一人臉龐瘦削、細眉鳳眼、蓄短鬚、身穿一襲繡有五爪龍紋的藍色袍子，年約三十五歲左右的中年男子，他邊走邊問道：“太子殿下在哪裡？”
朱慈煊一抱拳，“足下可是延平王？”