夏軍的警告很快就起到了作用，大部分居民不願意成為夏軍的刀下亡魂，連忙放下武器，從各自的藏匿點跑出來，向街道上的夏軍投降。
只有少數人還堅持抵抗，他們認為夏軍這是在誘騙他們主動自投羅網，再將手無寸鐵的他們殺死，因此他們拒絕了投降的勒令，繼續與夏軍作鬥爭，對於這部分頑固份子，夏軍毫不留情地展開了嚴酷的鎮壓行動。
他們逐個房屋逐個房屋的進行排查，甚至收買主動投降的居民作為帶路黨，將目光中所有拿著武器的本地人全部格殺。
一時間，城內到處槍聲大作，其中還摻雜著不時響起的手榴彈的爆炸聲和人臨死前的慘叫哀嚎，夏軍只用了不到一天的時間，就將城內的反抗勢力肅清殆盡。
而在城市中心，威嚴莊重的總督官邸和殖民地議會建築也被夏軍佔領，幾名線列步兵在戰友們的歡呼聲中登上樓頂，將那飄揚的荷蘭國旗與東印度公司旗摘下扔到樓下，合力將夏軍龍旗高高立起，插在荷蘭國旗原本的位置上。
荷蘭國旗與東印度公司旗幟緩緩落下，最終落在了通向官邸大門的階梯之上，士兵們沒有理會這面象徵著戰敗國的旗幟，他們隨意將旗幟踩在腳下，任憑汙穢沾染在旗面上。
海山馬車伕在南洋的榮耀就此終結，雖然荷蘭人還佔據著馬六甲與斯里蘭卡，但他們已經無力迴天。
夏軍全面入駐巴達維亞城後，才開始對城北的巴達維亞城堡展開圍攻，夏軍直接將火炮運入城內，架設在街道上對準城牆展開炮轟，同時在城外的火炮也一同開炮，夏軍高層並沒有能夠馬上將城堡拿下的信心，只不過是試探性的攻城，想要看看守軍的防守力度。
而事實證明，大名鼎鼎的稜堡的確易守難攻，儘管守軍人數稀少，又士氣低落，仍然能夠在夏軍的攻城下守住城堡，而夏軍的幾次試探性攻城都沒能討到好處——他們在用雲梯試圖攀爬城牆時，都會遭到來自多個方向的守軍的射擊，即便是試圖砸開城門的攻城槌也同樣如此。
在付出了數十條人命後，安楚傑和劉洋兩位旅帥直接下達了撤退的命令，他們看著那樣式奇特的西式城堡，光是看著就知道城堡不好攻打，兩人合計了一番，便決定採取長期圍困的方法，等待城內的守軍彈盡糧絕主動投降，或是等待城堡內出現什麼事情能夠給他們可乘之機。
做出了這個決定後，夏軍將居住在城堡周圍的居民全部遷走，對城堡施行全面封鎖，而在同時，夏軍也開始恢復巴達維亞城的秩序，在城內設立統治。
他們重新統計了城內的居民人口數量，經過為期三天的統計，巴達維亞城內除了逃往城堡的居民外，還有五千五百六十八人，其中漢人人口從原本的佔39%變成了如今的59%，在這場戰爭中，只有漢人沒有出現大量的傷亡，而馬代客人、歐洲人、歐亞混血與土人的傷亡較多，偌大的城市如今有數道街區空無一人。
既然城內人口銳減，夏軍便決定將城外的漢人遷入城內定居，他們取消了荷印政府對漢人在城內定居的限制令，允許漢人隨意在城內外定居，同時委任漢人中德高望重的人以及曾經擔任過華人官員的漢人作為巴達維亞城的新一批官僚，輔助夏軍治理巴達維亞城。
夏軍並沒有如謠傳中進行屠城的舉動也讓其他族群的居民安心不少，他們見漢人已經重新開始正常的生活後，也都大著膽子走上街道採購必備的生活用品，這些最先上街的居民沒有遭到刁難，在他們回家後，更多人也都跟著上了街。
一時間，巴達維亞城的秩序和正常生活恢復了很多，夏軍除了在城北靠近城堡的區域設定軍事禁區外，其他地方都和戰前沒有改變，居民們很快就適應了現在的生活。
夏軍對內穩固在巴達維亞城的統治
，對外也開始與同在爪哇島上的其他土著王國進行交流。
此時的爪哇島上除了夏軍佔據的巴達維亞城外，還同時存在著另外五個王國，分別為巴達維亞城西邊的萬丹蘇丹國，巴達維亞城堡正是因為與該國的戰爭而修建的，東邊還有井裡汶蘇丹國、馬塔蘭蘇丹國、布蘭邦岸王國與巴厘酋長國，這些國家深受***教影響，又經常與荷蘭人打交道，但火器普及率還是不高。
在夏軍攻克巴達維亞城後，最靠近巴達維亞的萬丹蘇丹國最先得到訊息，蘇丹一番深思熟慮過後，認為不應該與夏朝開戰，最先派出使者前往巴達維亞，向夏軍表達出和平共處的意願。
而夏軍在沒有受到朝廷的旨意前，都沒有主動與鄰國開戰的想法，兩位夏軍旅帥便欣然接受了萬丹蘇丹的好意，不過他們也提出了條件，要求萬丹蘇丹派出使團攜帶貢品前往江寧城朝貢。
爪哇島上的其他幾個國家也同樣接收到了這樣的要求，夏軍在取代荷蘭人的戰爭中的突出表現讓爪哇島上的土著們都感到忌憚，他們為了避免被夏軍找到開戰的由頭，便紛紛派出使團，攜帶國內的特產和黃金前往巴達維亞城，在夏軍的護送下踏上前往江寧城的道路。
巴達維亞城被夏軍佔領的半個月後，夏軍再次展開了軍事行動。
這一次的軍事行動仍然是針對荷蘭人，在完成修繕的東海水師的護送下，一個標的步兵向西航行，這支艦隊沿著海岸線不斷向西而去，沿途經過的國家皆驚慌地以為是荷蘭人的戰船打過來了，但在看見那高高飄揚的龍旗後，他們才放下心來。
夏朝在南洋的影響力早已是如日中天，在夏軍攻佔呂宋群島後，大量的夏朝商船在南洋出入，蘇門答臘島各國也都有向夏朝進貢的舉動，在他們看來，雖然夏軍同樣在南洋擴張，但夏朝自古就是天朝上國，和千里迢迢從西方而來的殖民者相比，夏朝更加令人感到親近。
夏軍水師在舉動沒有刻意隱藏，在從巴達維亞港出發的半個多月以後，夏軍水師就出現在了馬六甲外海，戰艦紛紛開啟炮窗，將火炮伸出窗外，遙遙對準繁華的馬六甲港口，在水師的掩護下，夏軍兵船強行衝入港口，意圖在港內登陸。
馬六甲的荷蘭人雖然提前得知了巴達維亞城被攻陷的訊息，但荷軍在馬六甲的軍事力量並不多，荷軍在港口內拼命抵抗，與夏軍開戰，雙方經過一番激戰後，荷軍倉皇退守馬六甲要塞，將港口拱手相讓，夏軍順勢攻佔港口。