機體互換實驗的第二天。
今天是學校的大掃除。
有些事情並不會因為意外而停止。2年A班的同學們都拿好了清潔工具，剛剛擦完的黑板還滴著水，兩個女生拿著抹布，擦拭著教室的窗戶，周圍的同學們忙忙碌碌的，無人在意小角落裡有人正在摸魚。
“那兩位都請假不在呢。”
班長洞木光看了眼碇真嗣和綾波麗的座位。
明日香順著她的目光看過去，略微有些出神。自碇真嗣駕駛零號機完成神經連線之後，誰也沒料到會有意外出現，本來一切正常的資料瞬間紊亂，突然飆升的同步率使得機器瘋狂報警。
與此同時，駕駛員的身體竟然在LCL液體中開始溶解，與其混為一體。
“怎麼會……這個同步率……”
某種未知的恐懼感湧上心頭，赤木律子的臉色立刻變得有些蒼白，她在計算機上輸入一串串的指令，並且難得焦急地下了命令，
“快停止實驗！”
“——把駕駛員救出來！”
可等反應過來時，碇真嗣就已經被“困在”了零號機的體內。
直到現在還沒有任何解決的辦法。
“和零號機同步率過高，快要融為一體了嗎？”
當時的葛城美里擰著眉頭說。
儘管儀器上還能檢測出駕駛員的生命特徵，但駕駛艙內只剩一團模糊的人影了，好在碇真嗣的身體沒有繼續溶解下去，要不然駕駛艙內恐怕就只剩下LCL液體，再無其他雜質了。
不，與其說是融為一體，倒不如說零號機正在吞噬真嗣吧。赤木律子心說。對於使徒的研究，就如同一個未知而又大的驚人的黑匣子。
“現在強制將駕駛艙彈出呢？”
身為作戰部部長的葛城美里提了個看起來可行的建議。
赤木律子搖搖頭拒絕了：
“在駕駛艙與零號機分離前，真嗣的狀態處於生與死之間，誰也無法保證直接分離的後果是什麼，更大的可能是，恐怕會什麼都不剩下。”
“也就是說，我們目前能做的只有祈禱了。”
金髮麗人用擔憂的神色緊盯著監控器。
指揮室裡一片寂靜。
良久後葛城美里才咬牙切齒地說：