直人：“我不是與你們為敵，我是與這個世界為敵，你太高看自己了。”
······
佩恩之戰結束，忍界各地紛紛來人重新建造新的木葉隱村。
直人在路上偶遇舊人，原來是當年雨隱村內接受他恩情的兄弟二人中最小的弟弟——太郎。太郎言自己兄長當日離開時得到一份信件要交由直人，可從此之後便未見過，直人陷入迷茫，他從未得到過來自幸和的信件。
那份信件便是當年鳩助送給直人，可是幸和被木葉間諜朝香所殺，信件不知去向。為找到信件直人來到雨隱村，找到九尾之夜逃出監獄的千夏，由她從覆滅的根部結界進入木葉隱村，終於在曾經的根部基地內找到。
這封塵封多年的信件被找到，直人得知自己乃曉組織成員，更是曉最後的首領。一切迷茫從此煙消雲散，直人返回雨隱村拯救小南，可最終來遲。
小南身受重傷即將去世，長門的輪迴眼被帶土奪走，雨隱村從未消散的烏雲細雨消失，天空中灑落陽光。
雨隱村外的湖面上，直人抱著小南，將自己的臉頰貼在小南額頭輕聲細語道：“我回來了，抱歉這麼晚才回來。”
“該抱歉的應該是我們，我們的路到了盡頭，剩下的路要擺脫你了。抱歉，將這樣一個曉交給你，是我們弄的一團亂，抱歉······”
小南躺在直人懷中去世，一張白紙被鮮血浸透，飛舞著飄蕩在空中，不知飄蕩多久，最後落在一件蘆葦叢中的破敗小屋，將一塊繪有青蛙圖案的木牌遮掩住。
安葬小南，直人前往川之國邪神教祭壇，開始與賜予他不死之身的邪神做最後的了結，關鍵時刻六道仙人出現·····
《最終章大綱：最後的曉成員，遲遲歸來的曉》
第四次忍界大戰開始，帶土向五大國宣戰，五大國耗盡全力抵擋住十萬白絕加上穢土大軍，最終開始決戰。
此時直人身穿曉組織的祥雲黑袍出現，額頭上佩戴雨隱村護額。最後的曉成員登場，這次他是站在忍界眾人一側，以曉的名義開始世界的和平。
曾經的天魔在世成為扞衛世界的英雄，第四次忍界大戰結束，直人一人返回雨之國開始最開始所做的事情。救濟難民、剿滅盜賊山匪，千夏接替小南成為雨隱村首領。
在雨之國幫助村民時，直人遇見一位使用灼遁的少女，少女名叫介川紗······
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