而現在，除了這些，發酵乳製品，就是最靠近我們生活的微生物食品製品了。
發酵乳製品是指良好的原料乳，經過殺菌作用接種特定的微生物，進行發酵作用，產生具有特殊風味的食品，簡稱為發酵乳製品。
它們通常具有良好的風味、較高的營養價值，還具有一定的保健作用，並深受消費者的普遍歡迎。
常用發酵乳製品有酸奶、乳酪、酸奶油、馬奶酒等。
發酵乳製品主要包括酸奶和乳酪兩大類，生產菌種主要是乳酸菌。
近年來，隨著對雙歧桿菌在營養保健方面作用的認識，人們便將其引入酸奶製造，使傳統的單株發酵，變為雙株或三株共生髮酵。
由於雙歧桿菌的引入，使酸奶在原有的助消化、促進腸胃功能作用基礎上，又具備了防癌、抗癌的保健作用。
由此可見，微生物發酵在食品工業中佔有非常重要的地位。
除了食品，相信我們最熟悉微生物的要算醫學方面了。
其中我們最熟悉的，應該就算是各種黴素了。例如青黴素、紅黴素、克林黴素、萬古黴素等等。
近年來經常說的抗藥性、超級細菌等，就是因為各種黴素的濫用而導致的結果。
自從二戰爆發使得青黴素的使用被提上日程，青黴素就作為第一種抗生素在醫學上被應用。
如今，由於微生物技術的迅速發展，單株青黴的青黴素產量，也已經變得相當高。
而且青黴素類是毒性很小，又是化療指數最大的抗生素，所以就連一般的感冒發燒都會用上青黴素。
但正因為如此，出現抗藥性菌株的報道也出現的越來越多。
面對著抗藥性菌株和超級細菌，萬古黴素就登場了。
比起青黴素之類的抗生素，萬古黴素的藥力比較強，因此當一些病無法用一般的抗生素治療，並確定是超級細菌引起的病的時候，可以使用萬古黴素進行治療。
不過萬古黴素終究是抗生素，繁殖快，突變能力強的微生物，還是有部分進化成了對萬古黴素不敏感的細菌。
在工農業方面，微生物的應用也相當廣泛。
首先是食用菌種的種植。
利用枯草、秸稈等種植食用菌種，種植完之後可以將底物和其他農業廢料如各種動物糞便等）一起發酵產生沼氣和肥料。
而肥料又可以轉回去灌溉農作物，農作物的收割後剩餘的廢料又可以拿去種植食用菌，這樣形成一個生態迴圈。
另外研究表明能在二氧化碳、氧、氫及氮等混合氣體中生長的細菌。
進行混合氣體培養，不僅能獲得大量營養價值高的菌體蛋白，而且能回收燃料廢氣、防除公害。
說起肥料，很多作物都需要氮肥。而我們比較熟悉的根瘤菌等，就能起到很好的固氮作用。
由於根瘤菌和豆科等植物共生，因此可以應用到立體農業中。就是說，將目標作物，和能與根瘤菌共生的作物一起種植。
對農作物來說，除了營養以外，最讓人關心的就是病蟲害了。
以前病蟲害的防治都是透過農藥來應對的，但是農藥對環境的汙染大，不利於農作物的持續生長，這時候微生物就派上了用場。
透過將匯入特定質粒的細菌感染作物，可以使得作物獲得某種抗病抗蟲害的性狀，這樣就能避免蟲害病害同時不怕農藥對環境和作物的副作用。