木葉39年春，雨之國。
隨著雨隱村投降並向木葉隱村支付首批戰爭賠款，雨之國境內有組織、大規模的抵抗(木葉）行動已經基本消失。
半藏的選擇，到底是為了雨隱和雨之國的未來，還是為了自己的權勢，不同的人有不同的答案。
但半藏沒有求同存異的雅量。
在黃賭毒部木葉忍者的督戰下，雨隱村忍者開始逐步剿滅雨之國國內的死硬抵抗分子，恢復生產生活秩序。
雖然，這個位面的世界線，已經有了輕微的變動。但歷史的慣性，又或是陰謀家的黑手撥弄，還是讓命運的相逢如期而至。
許多年後，面對佩恩六道時，妙木山的蛤蟆仙人自來也會回憶起他和隊友遇見三小隻的那個雨之國尋常下雨天。
在和雨隱村的大戰結束後不久，青年三忍遇到了彌彥、小南、長門三個戰爭孤兒。
此時的大蛇丸，已經開始了在黑化之路上的踽踽獨行。不過目前，量變還未引起質變。大蛇丸過去那顆細膩敏感的心，仍舊殘餘著善念，只是越發的偏激。
“殺了他們吧！”
“大蛇丸！刷～(彌彥上前遮擋住長門和小南）”
大蛇丸沒有理會少年的動作，但回應了隊友的質疑——又或者是自言自語。他用沙啞的聲線，帶著某種類似悲天憫人的哀傷，輕聲說道：
“戰爭中的孤兒我見多了，結局通常都很慘。還不如現在就殺了他們，反而是種解脫。”
“閉嘴吧大蛇丸，你和綱手先回去，我留下照顧他們一段時間。”
……
報著彌補戰爭創傷的期望，自來也頂著綱手和大蛇丸的反對，獨自留下照顧彌彥、小南和長門。他計劃待到孩子們能自立為止。
看似意外的開頭，卻有人暗地裡想導演必然的結果。
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當黃賭毒部的木葉忍者和雨之國的火協軍開展治安聯合作戰時。雨風邊境的豬鹿蝶部和雨土邊境的的飛鳥真吾部，也已經接到了移交防務的通知。