在這些土司有聯合的跡象之後，劉長樂風馳霆擊，立即派出麾下大軍，將這數名聯合的土司軍包圍了起來。然後，入軍捉拿土司本人，當著眾多土司，乃至於士兵的面，下令將這些抗令不遵的土司盡數斬首，以儆效尤。
十幾顆土司腦袋同時掉落，起到的作用立竿見影。其他土司看到劉長樂如此心狠手辣之後，心中慼慼，卻也不敢再度違抗劉長樂的命令。遵守命令，死的是底下計程車兵，而違抗命令，死的就是他們自己了。兩害相權，他們自然知道該如何做。
攻城的戰事忽然又變得殘酷起來。城中的土司兵原本已經習慣了每日演練一般的戰爭，忽然轉變為狂風暴雨式的進攻，死傷慘重。巴縣的城頭，被進攻的土司兵一度全面攻陷。要不是天色已晚，劉長樂下令撤軍，恐怕巴縣在就成為劉長樂的囊中之物。
不過即便如此，巴縣的末日也已經到了。城外的土司兵，已經由原本的兩萬人，銳減到了不到五千人，並且活下來的土司兵，人人帶傷，至少二十年內，已經失去了威脅四川內地的能力。劉長樂這才同意，將已經傷痕累累的土司兵，撤換下來，改由裴家軍親自進攻。
被撤換下來的土司兵，如蒙大赦，其中有人不由得嚎啕大哭，慶幸自己終於活著挺過來了。
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劉長樂沒有搭理這些土司，他現在全部的精力，巴縣城牆之上。
此時，巴縣城牆之下，層層疊疊堆起來的屍體，高度已經達到了半個城牆。天氣漸漸轉熱，被壓在最底下的屍體，散發著撲鼻的惡臭，如果不及時處理，可以想想，明年一場大疫會籠罩整個重慶府。
此時的劉長樂已經漸漸褪去了作為一個青年的躁動，反而越來越跟他哥劉知足相似，變得沉穩了起來。
在劉長樂的注視下，沖天的號角再次吹響。大批武裝到牙齒，並且在旁休整了一個月，早就憋著一口氣的裴家軍，頓時如同滔天的海嘯一般，朝著巴縣縣城進攻而去。僅僅一個衝鋒，裴家軍變已經登上了城頭，開始在城牆上跟秦秦永成的殘軍交戰。
秦永成打了這麼長時間，早已是身心俱疲。要不是劉長樂按下土司兵的攻勢，秦永成說不定早就向裴家軍投降了。不過，現在為時也不算晚。
剛剛佔領城牆，秦永成便下令，所有士卒放下兵器，向裴家軍投降。說完他還以身作則，第一個扔下了兵器。隨著他的動作，身邊計程車兵頓時鬥志全無，紛紛扔掉了手中的兵器，跪地投降。
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崇禎九年，五月二十，經歷了一個月的‘奮戰’，巴縣再一次回到了裴家軍的掌控。在巴縣休整了三日，一來是此戰有大量的受傷的土司兵，需要診治。
雖然劉長樂有意消耗土司士兵，但是那是針對立即戰死在戰場上，至於受傷回來的人，劉長樂還是願意給予響應的醫治，也算給土司兵唯一的安慰。不過能不能治好，就全靠自己的造化了。
其次，巴縣城下大量的屍體也需要儘快清理乾淨，否則真要發生瘟疫，損耗的可是裴家軍的根基。將城門口的屍體，一具具搬開，露出早已被鮮血浸透的城牆。原本青色的牆面，此時已經變成了暗紅色。儘管經過大量的沖刷，卻依舊洗不掉那澹澹的血腥味。
甚至於，夜晚有人路過城牆，還能隱約聽到有人痛苦的哀嚎之聲，令人不寒而慄，毛骨悚然。
處理完這一切，劉長樂隨即派遣大軍，南下征討石柱。石柱此時青壯男子全都跟隨馬祥麟來到了資陽，現在石柱內，只剩下一些老弱婦孺。劉長樂的大軍一到，這些老弱便向劉長樂投降。石柱就此平定。
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