就在四川裴家軍如火如荼，一點點增加自己實力的時候，北方的大明迎來了一次重大的危機。
早在崇禎五年，蒙古風雲變幻，科爾沁徹底投靠了皇太極，內喀爾喀五部全軍覆沒，察哈爾部的八個鄂托克中，奈曼和敖漢兩部被逼向皇太極投降，蒙古共主黃金家族的直屬後裔，林丹汗在草原上陷入孤立無援的境地。
同時，由於還垂涎於右翼蒙古的勢力，做著趁機殲滅右翼蒙古，借他們的人口與財富，恢復他蒙古共主的地位的美夢，於大明天啟七年，林丹汗於是以察哈爾部八鄂托克之一的多羅特留守故地，率數萬眾西遷。
雖然此次西遷，收穫頗豐，獲得了右翼蒙古的人口與財務，但在草原上，林丹汗的名聲一落千丈。蒙古是一個狼群，而狼群不需要一個只會逃竄的頭狼作為他們的首領。
於是，等皇太極率軍攻入察哈爾舊地，大批留在察哈爾的部落，根本沒有進行反抗，便向皇太極獻出了自己的忠誠。
崇禎四年，回過味的林丹汗惱羞成怒，親自率軍東征西拉木倫河，侵襲已降金的阿魯科爾沁達賚楚琥爾牧地，帶走了塞稜阿巴海的部眾。皇太極自然不肯示弱，親率兩千名精銳騎兵趕來。
然而，來勢洶洶的林丹汗，在關鍵時候卻又慫了，趕在皇太極攻來之前，便已撤走。此外，他還殺了漠北外喀爾喀諸部派到右翼的使者，引起漠北諸部的恐慌。
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經此一戰，皇太極徹底看穿了林丹汗的怯懦，無能以及貪鄙，於是起了徹底剿滅林丹汗，併吞草原之心。
崇禎六年，草原的風霜比往年足足早了一個月，歸化城外原本簡單的農業，顆粒無收，不僅如此，不知從哪興起大疫，開始在草原上傳播開來，蒙古諸部幾入絕境，兵員減損嚴重。整個察哈爾，馬匹僅剩四萬，兵員不滿五萬。
皇太極敏銳察覺到這是一個機會。於是，在第二年，也就是崇禎五年，在西拉木倫河彙集科爾沁、扎魯特、巴林、奈曼、敖漢、喀喇沁、土默特、阿魯科爾沁、翁牛特、阿蘇特等部的臺吉於西拉木倫河岸，總兵力約十萬，揮師西進進攻林丹汗。
林丹汗再次不負眾望，聽到皇太極殺來的訊息，拔腿就逃。這一次，覺得蒙古已經沒有他的容身之所，於是他一路西逃，跨過明境，逃入青海，與前幾天進入青海的卻圖汗揮師。這一路上，惶惶如喪家之犬，部眾大多流落，就連自己的福晉也都在逃亡中失散。
皇太極一路勢如破竹，窮追林丹汗四十一天，五月進駐歸化城，追殺道黃河邊緣，得知林丹汗已經逃入青海，這才帶著大量繳獲，人口，財務等撤了回去，此時已經是崇禎七年七月份。
然而，就在回去的路上，皇太極忽然調轉方向，以明邊將擾其境、殺其民、匿逃人為名，七月初八日入上方堡，進圍宣府。十一日，崇禎緊急下詔由總兵官陳洪範據守居庸關，巡撫保定都御史丁魁楚等鎮守紫荊、雁門。
十七日，京師戒嚴。二十六日，皇太極兵攻克保安，沿邊諸城堡大多沒有守備。八月，崇禎又分別派遣總兵官尤世威等支援邊境。十五日，崇禎又下令宣大總督侍郎張宗衡節制各鎮援兵。
然而，張宗衡得到聖旨之後，卻不沒有絲毫異動，反而將全部兵力匯之與懷仁城中閉門不出。至於懷仁城外則全都丟給了皇太極，任由他縱橫馳騁。可憐百姓何其無辜，就這樣被白白拋棄在胡塵之中，痛苦哀嚎，卻又無人理會。
懷仁城中有人於心不忍，於是偷偷開啟一條縫隙，希望能給百姓一條生路。誰知被張宗衡得知，勃然大怒，怒斥此人不顧大局，為小利而往大義，不將城外豺狼餵飽，這些豺狼則能心滿意足離開？懷仁的局勢如何得解？當場誅殺此人，以震懾眾人。
皇太極在懷仁城下圍城十餘日，沒有尋到絲毫破綻，於是調轉方向，南下攻入靈丘，企圖從紫金關攻入京師。
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靈邱知縣蔣秉採募兵堅守，二十日不敵，被皇太極攻入城內。城中守備陸世奇，把總陳彥武、馬如豸，典史張標，教諭路登甫，全部戰死。城破後，知縣蔣秉採自縊死，其家全家為國殉葬，遠近震驚。
不過蔣秉採的死也讓皇太極意識到，大明氣數未盡，在大明內部，仍有數不清的忠貞義士，願意為大明，為心中的那份忠義，賭上自己的身家性命。