當時，小皇帝生病痊癒，按照規矩，於是群臣進宮朝賀。
即使是這個時候，董卓也並不曾放鬆警惕，三步一崗五步一哨地前往宮中，面見小皇帝。
然而董卓萬萬沒有想到的是，這些崗哨中卻早已經夾雜了呂布安排的勇士十幾人，表面上都是最忠誠的精銳，實際上都已經做好了誅殺董卓賊子的準備。
董卓一入宮門，就被呂布的老鄉騎都尉李肅刺中了胳膊。
董卓受了傷，大驚失色，連忙向四周呼喚道：“呂布何在？”
呂布此時適時地應聲而出：“有詔討賊！”
董卓這才明白，這次刺殺的真正謀劃著，不是面前的這位騎都尉李肅，自己平時安保工作嚴密，僅僅憑藉李肅這樣的小人物，是不可能悄無聲息的謀劃出這樣的刺殺行動的。
而呂布親自出手，董卓身邊無一他身邊的人，最後只能無奈授首。
呂布立即取出詔書，聲稱但除元兇，從黨不問。於是士卒歡呼百姓歌舞，長安城中大家都相聚痛飲慶祝董卓的敗亡。
長安城百姓得知董卓被殺的訊息後，載歌載舞於道，士女爭買珠玉新衣，沽酒宴飲以示慶賀，塞滿了大街小巷。
董卓的弟弟、侄子及其家屬都被他的部下殺死，董氏一族，都被斬殺殆盡。百姓和軍士們又把董卓暴屍於市。
當時北方的天氣已經漸熱，董卓肥胖如豬，身上的油流了滿地，有人在他的肚臍上點燃了燭火，一直燃燒了三天。又把董氏全家的屍體焚燒，將其灰揚之於路。
朝廷軍在沒收他的家財時，郡塢中存有黃金三萬斤，銀八九萬斤，錦緞珍玩堆積如山。其餘的奇珍異寶不計其數。
顯赫東漢末年，權勢滔天董卓，就這樣以並不光彩的死法永遠地退出了歷史舞臺，這基本按照歷史發展的劇情也被載入了帝國征程的史冊之中。
不過董卓對整個東漢造成的惡劣影響卻沒有因為他的死亡戛然而止，關東的諸侯，現在已經各個擁兵自重，漸漸的不再是朝廷能夠指揮的動的，形成了割據一方的態勢，在自己治地內軍權、政治、經濟大權都盡在掌握之中，儼然已經成了一方的土皇帝。
現在就算是被王允這些保皇派控制的長安城中，也存在著大量的其他勢力——呂布手下軍隊、一些西涼軍殘餘勢力，在長安城外，還有著大量的手握重兵的董卓軍部眾，如李傕、郭汜等人。
歷史的大潮浩浩湯湯，東漢這座巍峨了四百多年的大廈已經將要完全傾覆，這已經全然不是王允這些人能夠挽救，力挽狂瀾的了。
而王允清除了董卓，在呂布的幫助下控制了朝廷之後，立刻開始拉攏關東的諸多勢力，以期得到關東諸侯們的支援，徹底消滅董卓在京兆吚和西涼地區的殘餘部眾，王允上臺之後，第一時間就下令，決定徹底的消滅李傕、郭汜等董卓軍殘部。
這個決定也給王允埋下了一個失敗的伏筆。
在這樣的情況下，朝廷對林然做出如此的封賞，也就一點都不奇怪了。