1858年1月，清軍乘太平天國內訌之後又恢復江北、江南大營，再次圍困天京的時候，石達開早已經在“自立為王”的道路上前進了，因此，天王洪秀全即使向石達開下達了要求他回師救援天京的命令，石達開也不可能再去執行了。4月，洪仁玕捻轉到達天京，被封為幹王。
1858年，捻軍主力回到淮北，一面以圩寨戰抗擊清軍進攻，一面以快速的流動作戰方式出擊豫、魯、蘇，殲滅大量清軍，並與太平軍配合進行了多次重要作戰。
4月12日，太平軍石鎮吉部由憲天燕，及軍政司程某率領佔領泳康，頑抗者惟有謝副爺（謝蘭生）、徐翊仁等數人。佔領後將10個鄉分立5軍帥、25師帥和125旅帥管理。黃溪灘應法潔率眾投奔太平軍，部眾發展到2000多人。六月初七晨，民團會剿黃溪灘，應法潔父子百餘人被殺。接著又聚遊仙、義和、太平數鄉民團數萬人合圍縣城。太平軍作戰術退卻，在民團合圍前稍然撤離，六月初八泳康復為清總兵周天培佔領。
5月下旬張樂行率兵北上，經正陽關、峽石口，佔領懷遠、臨淮和鳳陽府縣兩城，控制淮河南北的交通，斷絕清淮北鹽運。11月與廬州太平軍南下，配合陳玉成、李秀成指揮的三河之役，大敗湘軍。次年夏，派龔得樹領兵渡淮河，聯合太平天國廬州守軍吳如孝部攻克懷遠，自此兩軍佔領地區聯為一片。11月南退定遠。
1858年，咸豐八年六月，孫葵心北上攻打懷遠、定遠，掃蕩江淮清兵，屢建戰功。後受清軍和苗沛霖包圍，突圍後與張樂行發生分歧，回淮北自成一軍，與黑旗主劉玉淵聯合作戰。九月，孫葵心與劉玉淵、劉天福等人率部入山東，破曹縣、武城。
1858年8月，捻軍首領侯士偉為借款及一頭毛驢走失之事，與堂兄侯士忠矛盾激化，加之早有前仇，侯士偉決計報復。張敏行（張樂行胞兄）部下張正江是黃旗旗主，與張敏行父子、侯士偉關係密切。一日，張敏行兒子張瑨威逼張正江侍從張老二，以張正江名義，邀侯士偉至張正江部駐地張寨議事。侯士偉深信不疑，率幾名隨從至張寨。隨從立被張瑨部誘禁門外。侯士偉見事有異，逃至二門過道，被侯士忠之子侯布標一槍刺死。不久，侯士偉之子侯山也被殺於瓜地。張、侯兩家的仇殺，使紅旗內部嚴重不和，遂分裂成兩部分，傾向侯士偉的將士投在黃旗旗主張正江部，另一部分由侯布標率領併入張敏行部。侯士偉事件，使張樂行本部親軍的戰鬥力大為削弱，以致後來不能單獨禦敵，而被清軍擊破。
1858年9月，捻軍首龔德樹南下與廬州太平軍吳如孝部奪取藕塘鎮，圍攻定遠。陳玉成、李秀成率軍攻佔浦口和揚州，大破清軍江北大營。清軍乘太平軍東下，攻安徽、據太湖、撲安慶，李續賓率湘軍連陷潛山、桐城、舒城，攻三河鎮，進逼廬州（合肥）。陳玉成率兵救援，李秀成援軍繼進。11月14日，陳玉成部攻克三河清營，次日兩軍決戰。太平軍殲清軍六千人，擊斃李續賓（一說自縊）、曾國華。清軍從安慶外圍撤走。
12月，蘇天福率部深人魯西南作戰，不久南下。
太平軍從1858年開始，先後在浦口戰役、三河大捷、兩破江南大營、挺進蘇浙等一系列戰役中取得勝利，扭轉了軍事上的危局。政治上頒佈了《資政新篇》，經濟、外交、文化等各個方面也進行了列改革，改變了被動局面。天王洪秀全再設五軍主將，李秀成被封為後軍主將。
1859年3月，孫葵心、劉天福等轉戰於豫南郾城、舞陽，於北舞渡大敗清軍，擊斃南陽鎮總兵邱聯恩和山西參將福瑞。7月17日，龔德樹攻克定遠。
1859年洪秀全封李秀成為忠王。春天，石達開入湖南，發動“寶慶會戰”，欲取上游之勢，再下趨湖北，配合安徽太平軍作戰，並伺機分兵入川。彼時湘軍正計劃分兵三路進攻安慶，聞石達開長驅直入湖南腹地，軍心全線動搖，只得將因勢利導，全力援湘。面對湘軍的重兵馳援，石達開孤軍作戰，未能攻克寶慶，被迫退入廣西休整。