就算因為意識晶片成為了永生人類，就算憑藉科技力量大大改變了人類的生活。
但他們最終還是人！
而神，才是至高無上的！
皇家科學院就算傾盡其所有力量，也斷然不可能破碎整塊大陸當時各個大陸的人們並不是立即就瞭解‘新大陸’格局的，這在之後提及‘大航海時代’會再做說明）。
這是隻有神才可以做到的！
傳統神學趁勢再度興起！
他們宣稱大分裂是神的天罰，是神靈對世人的警告，是因為瑞蒙特那群無知，狂妄的科學家們褻瀆了神靈，從而連累全世界的人類一起受到懲罰！
瑞蒙特應該謝罪！
皇家科學院需要受到制裁！
這種聲音在整個西大陸迅速蔓延，曾經因為‘拒絕’科技的傳統教會，紛紛開始向瑞蒙特發難。
但‘永生手術’的饋贈還是留有好處的。
那些一早就接受‘永生’成為新人類的教團，其中大部分依舊支援著皇家科學院。
但因為這場有史以來最‘宏大’的災難，世人對神靈的敬畏，又再次被喚醒了起來，且無法消弭。
教會與教會之間，教會內部之間，開始就‘神學’與‘科學’的主導地位，進行著越來越激烈的碰撞！
隨著瑞蒙特最終放棄遠征，一統西大陸的新目標，再次讓皇家科學院，向西大陸其他的‘反科學勢力’...
出手了！
可這一次，瑞蒙特再也複製不了‘百國覆滅’的輝煌，僅僅是在攻打第一處教廷國的時候，就遭遇了前所未有的困難。
教會派出了特殊的戰士，他們自稱‘超凡者’！
這些看上去和傳教士沒有區別的傢伙們，卻能使用令人匪夷所思的力量！
瑞蒙特因為不瞭解這種力量而經歷了從來沒有過的失敗，但因為掌握著‘永生’的秘密當時皇家科學院只分享了技術，神置針和意識晶片的製造方法都是未公開的，只是直接供貨），所以，它依然擁有不少的支持者。
這其中，就包含同樣擁有‘超凡者’的大教團。
傳統神學與新興科學之間，一場為了爭奪世界主宰地位的戰爭，就這麼再次拉開了帷幕。
同時，名為‘科技神學’的新型教派，開始在全世界人類中漸漸傳播開來...
世界迎來了‘大混亂時代’的初期——末日方舟！
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在這持續了數百年的‘末日方舟’時期，人類彼此之間的戰爭內耗大大削弱全人類的整體實力，皇家科學院的影響力得到了有效抑制，傳統神學再一次發展起來！
以‘神學’為主的傳統教派，和以‘科學’為主的新興教派，開始陷入長期的僵持狀態。