南王乃是天王所封，若再用此稱號，那就無法將聖教與原來的拜上帝教脫清干係，勢必還要屈居天王東王之下，若不受其節制，又勢必對馮雲山名聲有損。不如趁此次將軍隊整編之際，順道改換稱呼，同時將太平軍改為太平聖軍，與洪楊兩人的太平軍既有區別，又未徹底撕破臉面，底下將士亦能接受。這樣有助於他徹底掌管這隻隊伍，不受洪楊兩人干擾。而且，滿清會以為太平聖軍只是太平軍的一個分支，注意力，還是會集中在太平軍主力身上，這樣也會減輕聖軍的壓力。
馮雲山也是知道，他帶出的太平軍將士大多都是他原來的老教眾，改良教義、換個稱呼，不會有人反對；而新入鄉民會黨，都是生活所迫，反抗清廷，從眾心理，才找他這個平臺，更不會關心他是否與洪楊的太平天國脫離關係。至於個別暗藏軍中的天王、東王等暗探，如今自己勢力初成，已不足為慮了。
作為後世穿越者，馮雲山深知，一支軍隊要想戰無不勝，最根本的就是將士，要有奮不顧身不怕死的精神。而太平天國初期，太平軍信仰上帝，認為戰死也不過是提早上天堂去拜見上帝，故而每戰皆不退縮，以至於清軍認為“太平賊兵皆吃藥，悍不畏死，傷十數處仍不覺痛，拼死不退，不可敵！”
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由此，馮雲山準備將套用後世無敵軍的方式進行改編，再加上用宗教思想來武裝部隊。保證自己對軍隊的絕對掌控，確立了“聖王指揮聖教，聖教指揮各級軍隊”的基本原則。這樣的軍隊，戰鬥力必定不可小視。
主要透過在“聖軍中每卒必須建立聖教小組，維護士兵利益，對一卒將士思想傳教。”“官兵人格平等，不準隨意打罵兵士”等一套治軍方略，來提高馮雲山對太平聖軍的控制力，加強聖軍對士兵的凝聚力，將各級將士緊密團結起來，爆發強大戰鬥力。
聖軍編制仍舊大部分採用原有太平軍編制，其實本就是原來的馮雲山一手構想和建立的。
五人為伍，伍長管衝鋒、破敵、制勝、奏捷四伍卒，均為戰兵。
五伍為兩，兩司馬管剛強、勇敢、雄猛、果毅、威武五伍長，兩司馬均兼任剛強伍長，勇敢伍長兼任副兩司馬，計25人。
四兩為卒，卒長兼聖教教員，管東、西、南、北這四個兩司馬，再配以1名專職聖教副教員，1名副卒長，1名書使，計104人。
五卒為旅，旅帥兼聖教教司，管壹、貳、叄、肆、伍這五個卒長，再配以1名專職聖教副教司，1名協理職同副旅帥），2名書理，計525人；
五旅為師，師帥兼聖教教師，管前營、後營、右營、左營、中營五旅帥，再配以1名專職聖教副教師，1名協理職同副師帥），1名師尉，1名書理，計2630人；
五師為軍，軍帥兼聖教教長，管前營、後營、左營、右營、中營五師帥，再配以1名專職聖教副教長，2名協理職同副軍帥），3名軍尉，3名書理，計人。
軍帥之上，有監軍、總制、將軍、指揮、檢點、丞相、軍師，對應聖教職位只設立教監、主教，統歸聖教聖王節制。
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