朱溫既平鄆兗，又欲盡吞江淮，於是兵分兩路，入侵淮南。東路龐師古率徐、宿、宋、滑四州之軍直趨清口，攻揚州，西路葛從周則率兗、鄆、曹、濮四州之軍進駐安豐，攻壽州，朱溫自屯宿州，策應兩路大軍。淮南震恐，楊行密乃與朱瑾率三萬大軍北上楚州，向清口推進。
龐師古很快便進抵清口，他不聽部將勸阻，將營寨駐紮在低窪之處，同時又恃眾輕敵，平時以弈棋為樂，不作軍事部署。楊行密於是讓朱瑾堵塞淮河上流，準備以淮水衝灌汴軍營寨。朱瑾隨後又與裨將侯纘率五千騎兵偷渡淮河，打著汴軍旗幟，自北向南直攻龐師古的中軍大營。汴軍倉皇拒戰，又遭大水灌營，頓時陷入混亂。楊行密此時又親率大軍渡淮來攻，與朱瑾兩面夾擊，大破汴軍，斬殺以龐師古為首的汴軍將士萬餘人。
葛從周此時亦被壽州團練使朱延壽擊敗，退駐濠州，及聞東路軍潰，乃撤軍而去。當時，楊行密與朱瑾已乘勝西進，於是和朱延壽一同追擊汴軍，最終在淠水大破葛從周。汴軍被“殺溺殆盡”，殘部在撤退途中又有無數士卒凍餓而死，最終撤回汴州的不足千人，朱溫聞聽兩路皆敗，亦自宿州退回。自此，楊行密雄霸江淮，朱溫亦無力南下相爭，而朱瑾則連年北犯，成為朱溫的東南之患。
朱瑾又隨楊行密北攻徐州，屯於呂梁，後因朱溫親率大軍來援，乃引兵撤走，卻被汴軍追敗於下邳。唐昭宗以李儼為江淮宣諭使，拜楊行密為東面諸道行營都統、封吳王，讓他討伐朱溫。楊行密乃建立吳國，並承製封授官吏，以朱瑾領平盧節度使。不久，朱瑾隨楊行密北征，但攻宿州不下，最終以“糧運不繼”為由撤回淮南。
朱溫篡唐稱帝，建立後梁。當時，楊行密早已去世，其子楊渥繼立，但在兵諫中被張顥、徐溫所架空，楊渥拒不承認後梁政權，仍沿用唐朝年號，繼續與朱溫相抗衡。張顥、徐溫又弒殺楊渥，改立其弟楊隆演，徐溫隨後又殺張顥，盡掌吳國軍政大權。朱瑾在此期間一直效力於吳國，但在權力更迭中並沒有發揮影響。
梁將王景仁入寇淮南，朱瑾與徐溫率軍抵禦王景仁，起初敗於趙步，隨即又整軍再戰，在霍邱大敗梁軍。武寧節度使蔣殷據徐州反梁，歸附吳國。後梁遂命牛存節、劉鄩討伐蔣殷，朱瑾率軍援救徐州，卻為梁軍所敗。後來，徐溫以長子徐知訓居國都廣陵輔政，自領兵出鎮潤州，後又改鎮升州，但吳國大政始終都由徐溫決斷。
宿衛將李球、馬謙劫持楊隆演，以勤王的名義召集庫兵討伐徐知訓，陳兵於天興門外。朱瑾恰自潤州入都，率部擊潰亂兵，擒斬李球、馬謙。後來，朱瑾又與徐知訓統兵北征後梁，圍攻潁州，以配合盟國晉國的軍事行動，後因梁將袁象先率軍來救，乃撤歸淮南。
徐知訓輔政期間，驕橫恣肆，不但凌辱諸將，甚至經常侮弄楊隆演，毫無君臣之禮，他早年曾向朱瑾學習兵法，得其悉心教授，後因向朱瑾索求名馬被拒，竟派遣數名刺客去刺殺朱瑾。朱瑾將刺客悉數擊殺，掩埋於後院，但卻隱忍不發。後來，朱瑾派家妓去問候徐知訓，卻差點被徐知訓強行佔有，他愈加憤憤不平，數次勸說楊隆演尋機誅殺徐氏父子以除國患。
徐知訓因忌憚朱瑾在朝中的地位太高，於是在泗州設定靜淮軍，外放朱瑾為節度使，朱瑾更是憤恨，遂決定誅殺徐知訓。當時，徐知訓在家中設夜宴為朱瑾餞行，朱瑾亦於次日一早去向徐知訓辭行，卻得知徐知訓夜醉未起，遂以“不奈朝飢”為由返回家中。徐知訓酒醒後，表示自己會在晚上去回拜朱瑾。
徐知訓當晚來到朱瑾府中，朱瑾設宴款待徐知訓，席間讓寵姬頻頻勸酒，還答應將其此前索要的那匹名馬相贈，徐知訓甚喜。朱瑾隨後又將徐知訓請進內室，喚妻子陶氏出來相見。徐知訓正與陶氏見禮之時，被朱瑾在背後用笏板砸倒在地，早已埋伏好的兵士隨即衝出，將其殺死。徐知訓雖帶有隨從數百人，但皆在室外，對其被殺一事絲毫沒有察覺。
當時，朱瑾還特意在庭院內拴了兩匹烈馬，在請徐知訓入內室時命人暗中解開馬繩，用兩馬互相踢咬、嘶鳴的聲音來掩蓋內室發出的躁動聲。朱瑾隨即驅散徐知訓的隨從，騎馬馳入王府，將徐知訓的首級拿給楊隆演看，道：“我已為吳國除去這個禍害。”楊隆演驚懼之下，掩面避入內室，道：“此事是您一人所為，我什麼都不知道。”朱瑾忿然道：“婢子不足以成大事！”他拿起徐知訓的首級，狠狠的擲向柱子，轉身提劍而出。
王府子城使翟虔此時已關閉府門，並領府兵圍捕朱瑾，朱瑾跳牆而出，卻摔折了腳，自知無法脫身，乃道：“吾為萬人去害，而以一身死之！”說完便自刎而死，時年五十二歲。
徐溫的養子徐知誥，在潤州聞聽廣陵之變，當日便引兵入廣陵平亂，族滅了朱瑾滿門。徐溫因親子皆幼弱，乃以徐知誥接替徐知訓執掌吳國國政，並命其將朱瑾的屍首沉入雷塘。後來，徐溫親自趕至廣陵，徐知誥與嚴可求乃將徐知訓的過惡盡皆告知徐溫，徐溫這才知道徐知訓在廣陵的胡作非為，怒氣稍解，命人將朱瑾的屍首撈出，改葬於雷塘之側。
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