利用人類在矩陣系統中產生的創新的思想火花為自己的進一步發展提供動力，這是矩陣作為能源的真實用意。
一開始機器文明確實單純地想要這種方式一勞永逸的解決問題，但是矩陣系統的執行並非如此順利。
所以當機器文明設立第一個矩陣的時候，他們可能僅僅是單純的榨取人類頭腦中的創新。
不過他們或許準備了兩種可能性。
如果這個系統執行順利，就把人類一直利用下去。
否則就採取矩陣升級的戰略，直至矩陣革命，徹底擺脫人類。
電影裡代號為“建築師”的高階智慧程式設計的第一個完美矩陣系統的崩潰，表明人類的頭腦有太多的不確定性不穩定性，並不是一個信任依賴的工具。
於是從第二代矩陣開始，設立了先知負責研究人類的心理，研究最終如何擺脫人類，使機器文明具備獨立創新的能力，同時也建立了包括主角尼奧這個程式，錫安世界在內的一系列配套的矩陣升級機制穩定機制。
這樣矩陣有兩個任務，一個任務是榨取被接入矩陣中的人類頭腦中的創新思想。這個任務由智慧程式建築師來負責。
另一個任務是研究如何使得機器文明獲得擺脫人類獨立進行創新的能力，同時又能保證機器文明本身的安全，防止出現無法預料無法控制的結果，這個任務是由先知來完成。
所以建築師竭力保持矩陣的平衡，並負責對矩陣定期升級，而先知則在矩陣中研究人類心理。設法找出人類創新能力的奧秘，並尋找機會，促使平衡打破，使矩陣革命的條件成熟。
而電影裡曾經出現的三個主要角色，沈森也對他們的身份有了一絲猜測。
黑人墨菲斯，女主角崔妮蒂，主角尼奧都是一個電子人。他們自認為自己的思想和意識是自由的，但是有很大的可能那些意識思維都是矩陣給予他們的。
墨菲斯可能是個許可權很低的人物，他的作用是救出尼奧的身體，初步啟迪尼奧，引導尼奧回到矩陣的電腦主機，交出身上攜帶的密碼。
墨菲斯來自於母體，他的思想侷限於母體的安排。到了後期，尼奧回到了萬物之源，但是戰爭依然沒有結束，所以墨菲斯整個人才蒙了。
這時候他才發現自己被騙了，他並不知道自己也是高階程式先知的一枚棋子，自己所有的動作只是矩陣在自己潛意識中的安排，所以這個時候他的信仰崩潰了。
而女主角崔妮蒂是一個更悲催的人物，她在矩陣中的許可權比墨菲斯要高，她可以復活尼奧，是這次矩陣升級的關鍵變數因素，決定這尼奧的思想行動。
崔妮蒂和尼奧的愛情，產生了矩陣不可控制的行為。這種行為進一步加劇了人工智慧機器的危險，最後尼奧透過自我犧牲達成短暫的和平協議。
崔妮蒂表面上是一個自由人，其實是被高階智慧程式先知控制的，思想的控制。
先知告訴她她會愛上一個人，然後她就偷偷的在母體中觀察尼奧。然後假裝愛上尼奧，然後真的愛上了。
這種愛情是人類思維意識的奇妙之處，身為高階程式的先知和建築師並不能真正的明白其中的意義，產生的行為也是他們兩個不能控制的，所以才產生了尼奧的反面程式史密斯。
尼奧是電影的主角，他的本體是個電子人，和千千萬個矩陣中的人一樣，他的腦部是改裝過的，他有人類的基因，電腦人的接孔，思想完全受母體的控制，他的所有行動都被母體記錄下來。
在純種人類世界中，他是被人懷疑的救世主，在錫安反抗基地並不是所有人都相信他，主流的議會就不相信他，強勢的指揮官不相信他，即便是飛船艦長中，很多人依然不相信他。
尼奧身上帶著機械大帝和矩陣的所有許可權，但是這種許可權必須一步步才能得到，而且必須是有順序有步驟的獲得。開始的尼奧就是個普通電腦人，渾渾噩噩的過日子。
在矩陣的虛擬世界裡對於上司的訓斥逆來順受。晚上思想千千萬，早晨起來接著幹，懷疑的思想雖然強烈，但是毫無作為。
而墨菲斯之所以救出尼奧的，是高階智慧程式先知告訴他的。
從這一點可以看出，墨菲斯根本就是個洗腦人。
他看似有著堅定的信仰，但是不知道這種信仰的目的和來源，這種信仰是程式先知告訴他的，先知有自己的目的，所以，墨菲斯就是個傳話人，執行者。一個自以為掌握命運的執行者，這恰恰是先知和母體的目的和設定。
……