隋唐以來，三省六部制之下，三省六部實際上是政務機構，而九寺則是事務機構。也就是說，九寺與六部之間，其實是業務對口關係。
司農寺最主要的對口部門是戶部，因為百官的祿米需要從司農寺轄下的倉庫中調撥。甚至於，當戶部賬上錢糧不足時，還需要司農寺補貼一部分，因為司農寺有自己的財產：公廨田、苑囿、園池、牧場以及諸宮殿、行宮的附屬土地，如湖泊、森林、牧場、田地等。
司農寺與其他部門也有業務聯絡。比如禮部、鴻臚寺等機構舉辦宴會、祭祀，酒宴由他們來舉辦，但真正出東西的，還是司農寺。
刑部也會發配一些罪人到司農寺，一般是無甚技能者。有技能的，比如有伎藝，有工巧，或長得好看的罪官女卷，則沒入宮中，“無能者鹹隸司農”。
早年有屯田那會，司農寺也與工部有聯絡。
簡而言之，六部、九寺名義上平級，但政務機構六部對事務機構九寺有實際上的業務指導關係。六部人少，只出政策、出規章、出條文，九寺人多，具體執行，說起來後者其實是矮半級的。
邵樹德試圖對此進行改革，但他自己還沒有一個成熟的方案。以司農寺為例，目前確實剝離了很多地方州縣倉庫歸戶部，只留著最大的幾個，如龍門倉（河中）、渭水倉（潼關）、千金倉（靈州）、會州大倉（會寧關）以及洛口、河陰、含嘉等倉。但按照目前的趨勢，這些倉未來也將陸續移交。
從今往後，司農寺將轉變為一個皇室供應機構，有一部分自己的資產，可自我維持，同時開展牲畜、農作物培育等科研專案，外加屯田。
“代北那邊，如果成功奪取雲、蔚、新、毅等州，司農寺要派員前往，設立幾個屯田點。”邵樹德又道：“一般武夫確實不願屯田，但俘虜未必不可行。朕將屯田重任交給司農寺，爾等要好好辦理。”
“遵旨。”梁之夏立刻應道。
“代北，須不要小瞧了。”邵樹德說道：“雖然不如河南、河北，卻也不是什麼不毛之地。憲宗朝之時，代北水運院還相當興盛，而今荒廢不過二十年，或可重建。人手不是問題，俘虜有的是。梁卿可遣人至代北考略，重建代北水運院。”
代北水運院是前唐北邊防禦體系的重要後勤供給機構。
劉禹錫給薛謇寫的碑文中就提到：“局居雁門，主谷糴，具舟楫，募勇壯且便弓失者為榜夫千有餘人，隸尺籍伍符，制如舟師。詔以中貴人護之。聲震塞上。”
代北水運院主要負責的是滹沱河、桑乾河的航運，主要供給的就是大同軍。
這個機構一直到李國昌父子造反前還存在，後來廢棄了，人員星散。邵樹德的意思是遣人檢視當地水文狀況，看看還適不適合航運。
就算不適合也沒什麼，沿河開墾荒地就是了。地廣人稀的地方，地多得是，一旦重新恢復當地的農業，便可就近提供糧草，於大業頗為有利。
至於屯田所需的人手嘛，完全不用擔心，因為最近各條戰線的戰事頗為順利——
契丹開始了大撤退，諸軍開始追擊，收復失地。
雲州方向，已進入最後決勝負的階段。在如今這個形勢下，晉人未必有多麼堅強的戰鬥意志，勝利是大機率之事，懸念僅在於消滅多少敵人，佔領多少地盤。
嶽州方向，折宗本與鄧進思、馬殷聯軍大戰，先在洞庭湖敗了一場，損失不小。重整旗鼓之後，終於擊敗敵軍，殺鄧進思，進佔嶽州。