他死後加賀進入本願寺的時代，富樫氏淪為傀儡木偶毫無權力，在本願寺蓮如死後便成為加賀三寺把持政權的時代，這個時代加賀三寺橫徵暴斂東征西討擴大地盤，最後竟然要篡奪法主的位置，最後在大小一揆中被山科本願寺派出的超勝寺実顕討滅，從此就進入超勝寺家的時代。
超勝寺実顕可以坐穩加賀一向宗總大將，並迅速打造出一支強大無比的軍勢就在於一個字“錢”，有錢可使鬼推磨，奪取吉崎御坊剿滅加賀三寺的過程中，超勝寺実顕掠走原屬於加賀三寺的大量寺產以及藏金，大量的財富使得超勝寺家在短短十幾年的功夫就大有超過加賀三寺氣焰，對本願寺證如的命令經常陽奉陰違。
以至於本願寺證如為壓制他不得不建立金沢御坊，命令超勝寺実顕入駐其中受到各種限制，從那時開始超勝寺一族才開始逐漸收起招搖的架勢，但時常還是因為自己的利益取向與石山本願寺發生衝突而動手殺死使者，同時也是在這個時期超勝寺將本吉湊收歸自己所有，財稅自主權得以保障。
超勝寺実照時代一邊向石山本願寺低頭服軟，一邊加強對金沢御坊的滲透和拉攏，近些年漸漸將金沢御坊的部分寺禪控制在自己的配下，對上要保證自己足夠小心不會讓本願寺顯如覺得他有不軌之心，對外要壓制一門眾的越前超勝寺、和田超勝寺的有力一門眾，逐漸將把兩寺的財務以及他手中掌握的資源轉移到金沢御坊，他本來是打算在十年之內完成金沢御坊的完全從屬化控制。
但這一切都隨著吉良軍的到來而劃上一個句號，從源平時代富樫泰家在俱利伽羅合戰中立下大功，被任命為加賀守護以來，這前後三百六十多年的時間，先後經歷富樫氏、加賀三寺、超勝寺一族幾次轉手所積累的財富全部落入吉良家的手中。
“我粗略的估計一下大約有不下十萬貫的各式銅錢，以及差不多等價的黃金白銀，至於一些書籍古董以及名貴器物實在不太清楚價值。這幾座倉庫只有本家進去粗略檢視一下就推出來，然後封住倉庫派重兵把守，寫信給你等到運回去重新點檢。”
上杉政虎簡單交代一下就帶著細川藤孝前往御坊內的幾處倉庫，對這一筆巨量的財富沒有太大興趣，當年要不是因為上洛費用的攤派引起家內的紛爭，他也不會搞青薴專營權獲取利益支撐對外作戰，現如今越後根本不缺錢。多點浮財只是錦上添花而已。
細川藤孝只是進去匆匆檢視一下就推出來，隨後招來奉行眾與物見番頭開始著手搬運以及初步點檢，這一趟搬運就花費足足三天的時間才全部上船運回越後，細川藤孝沒告訴上杉政虎具體數字多少，只是預估一下各式銅錢價值永樂錢十五萬貫上下，黃金白銀之類的折算價值還要多一些。其餘古玩字畫暫時無法估價。
另外發現幾處暗門搜出超勝寺家吞併加賀的作戰計劃若干，來自大明朝的貴重茶具、寶石、象牙等工藝品，甚至還有一方頂級端硯，這種好東西就是吉良氏三百年傳承都沒有獲得過，只有足利將軍家在足利義滿時代從大明朝獲得一方贈予，據說平清盛曾經也有一方端硯，只是隨著壇之浦合戰而不知道流傳到何處。卻是不知這一方端硯是不是平清盛流傳的那一方端硯。
又過半個月吉良義時下達一封委任狀，命令上杉政虎全權負責與一向宗、朝倉家的和睦達成約定，並要求他儘快解決北陸的戰事率領主力軍團返回春日山城，其實他並不召集返回越後坐鎮春日山城，因為越後四周都沒有戰事發生，回去不如在這盡力壓制三郡之中的一向一揆勢力，反正無論是一向宗還是本願寺都拖不起，他是最不用感到著急的。
幸好也沒讓上杉政虎多等。在委任狀下達之後沒多久，石山本願寺派來的使者急匆匆的趕到加賀金沢御坊，這次派來的使者是下間賴照與七里賴周兩人，他們這二人是本願寺顕如最信任的心腹，兩人都不是北陸一向宗的嫡派出身。
下間賴照的父親下間賴清曾是越前一向一揆的幾大軍頭之一，在大小一揆中也立下功績受到封賞，但後來還被超勝寺実顕排擠回石山本願寺鬱鬱而終。他這次回來是奉命奪取越前一向宗的軍權，自然不可避免的要與超勝寺教芳爭權，這正順著他一報當年之仇的本意。
七里賴周的出身更低，他是出身山科本願寺時代一個小小青侍。所謂青侍就是地侍級別低階武士之中比較年輕而有前途的男子，他本人連個俗姓苗字都沒有隻是個普普通通的富農轉為地侍階級，因為忠誠勇敢辦事得力而在近二十年的辰光之中，逐漸提拔為石山本願寺內有數的心腹大將，這次派到加賀也是為獲取加賀一向一揆的軍政大權。
下間賴照是個四十多歲的中年和尚，同行的七里賴周與他的歲數相差彷彿，但是兩人的表現和氣場真是高下立判，下間賴照從儀表談吐來看更像是個學識豐富的學問僧，而七里賴周拋棄那其貌不揚的樣子不說，又矮又瘦還有些駝背實在不像個大將的樣子。
七里賴周與下間賴照對視一眼，然後率先說道：“貧僧奉法主之命前來與吉良家達成和睦，不知上杉彈正殿可否做主，若不能做主貧僧等人又該去何處商談和睦事宜。”
“本家可以做主，這一點兩位不必擔心，有什麼話就直接說吧！”上杉政虎一伸手，作出請說的動作。
下間賴照笑呵呵的說道：“那就好！貧僧此來的目的是與吉良家達成和睦，法主的原話是之前的所有愁怨你一筆勾銷，籍此機會彌合兩家的干戈紛爭引發的禍亂，就以現在的實際控制區為基準線，雙方從此休兵罷戰不再動兵火，不知上杉彈正殿意下如何呢？”
上杉政虎聽到他們的提議也是莞爾一笑，心知超勝寺実照的首級掛在金沢御坊外近一個月總算沒白費，經歷多日的輿論發酵必然使得石山本願寺陷入畏懼的情緒之中，前後投入十二萬七千大軍都被俘虜和殲滅。入侵加賀前後十餘日就奪取北部兩郡，隨後更是在莇生砦合戰裡大敗一向一揆軍，以至於加賀一向宗淪落到能美郡都快要守不住的尷尬局面。
領地被佔信眾被擄，致使加賀、越前一向宗面臨無兵可徵無糧可籌的窘境，錢財支出的唯一來源也隨著本吉湊的攻陷而被掐斷，隨著莇生砦的失敗將最後一絲翻盤的機會給葬送，現在不要說反攻強盛的吉良家搶回失去的領地。就是維繫現有的局勢不倒臺都是一件非常困難的事情。
正是因為知道自己面臨巨大而又無法抵抗的威脅，所以石山本願寺的法主本願寺顯如立刻作出退讓妥協換取與吉良家達成不戰和睦的基本要求，因為他們知道加賀與越前的一向宗勢力絕對沒有能力同時堅持兩線作戰，只有選擇其一作為進攻方向才是唯一的出路。
眼下的局勢是越中一向宗勢力被徹底清空，連帶的能登一向宗的幾個坊官也陷在能登畠山家的內亂中無法自拔，加賀北部兩郡的一向一揆主力早已在越中侵攻的過程中被清空。待吉良軍殺入加賀以後又進行一次次屠殺和人狩，凡是一向宗信仰堅定的人，無論武士、僧眾亦或是農民，不論性別年齡全部捕捉扭送越後處置。
在這一系列的血腥鎮壓過程，對作為一向宗基礎的信眾階層的損失是極為嚴重的，各村各鄉里還能留下的人口不超過五萬人，這五萬人裡要麼是對一向宗的信仰不深。要麼就是本身仇恨一向宗或者歸屬於一向宗敵對勢力的領民。
而北部兩郡內吉良家軍的精銳駐守就足有四萬之多，外加隨時增援的吉良水軍不下三千軍勢，讓一向宗根本沒機會在北部兩郡煽動新的一揆暴亂，更糟糕的是吉良家還在不停的從越中運送農民遷入北部兩郡名義上是為協調秋收問題，實際上是要把這兩郡徹底實領化。
能美郡東部地方的情況也差不多，幾百個大大小小的村莊被捕捉一空，甚至連能美郡西部未受戰火波及的地區也受到小範圍人狩的影響，這些訓練有素的騎兵可以在一夜之間連續襲擊幾個村莊。在足輕的配合下一個白天就把這些村莊裡的信眾從上到下抓的乾淨。
信眾中的男丁們團結起來積極抵抗，就會遭到吉良軍的無情殺戮，這些毫無悲憫之心的武士殺起一向宗信眾比殺只小雞還輕鬆，被殺怕的信眾不得不作出選擇，要麼就踐踏一向宗的法旗並向神佛起誓與一向宗決裂，要麼就被強行擄走送到越後或者佐渡做礦工，反抗者不論男女不問貴賤一律就地處決。
這麼殘暴的制度確實震懾住向來氣焰囂張的一向一揆。他們從沒見過這麼可怕的手段，用如此激烈的手法將一向一揆賴以生存的生命線連根拔起，失去信眾他們就是無根浮萍幾場失敗就會瞬間潰散，這是石山本願寺決不允許發生的。
其實石山本願寺方面並不理解吉良家。用如此激烈的手段對付一向宗到底是為的何種因素存在，因為本願寺家與吉良家遠日無怨近日無仇，雙方也談不上嚴重的利益紛爭，無非是一些宗教上的分歧，這點問題還不如越前朝倉家與本願寺的死仇的十分之一。
這些年雖然放任加賀、越中一向宗對越後的進攻，但也不是沒有想過要主動彌合這種關係，可是越後的一向宗禁止令恰好觸動一向宗的底線，讓本願寺顯如幾次三番猶豫著還是放棄主動提出和睦的打算，只要他提出和睦的談判，本願寺顯如一定會伸手接下這個好意。
因為在本願寺顯如的心裡，總覺得到最後還是吉良家會主動和他提出和睦，到那時越後放開一向宗佈教限制，哪怕只是開一到縫隙就像甲斐國武田信玄那樣管理嚴格也無所謂，他只需要一個臺階下，然後就可以大大方方的約束加賀、越中的一向一揆，若北陸的這些僧徒眾以及坊官們不聽號令，他會很樂意邀請吉良義時一道對北陸再來一次“大小一揆”的大清洗。
只是這次的遭遇實在出乎本願寺顯如的預料之外，雙方在越中爭奪領地的戰事竟會如此激烈。曾經在京都有過一面之緣的上杉政虎竟然如此厲害，不但殲滅向來陽奉陰違不老實的超勝寺実照，還把加賀國中北部兩郡以及能美郡半郡吞併，讓他想做更多的調整也已經來不及了。