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淩晨，5:00，全息會議室。
碇司令坐在一片黑暗之中，冬月副司令站在他的身旁，在他們二人的周圍，黑暗的虛空中漂浮著十二塊黑色的墓碑，每個墓碑上面都有一個鮮血一般赤紅的編號，從01一直到12，再加上碇司令這個“13”，正好象徵著耶穌的十三位門徒。
01基路議長：“約定的日子到了，碇源堂。”
碇司令：“人類應該邁向更加光明的未來，eva就是為此而存在的。”
碇司令使徒說服seee，但是seee不為所動。
12：“這是為了讓閉塞的人類獲得新生的必要儀式。”
07：“毀滅的宿命中也包含著新生的喜悅。”
03：“為了讓神、人與其他所有生物透過死亡融為一體。”
01基路議長：“死亡，將孕育新生。”
碇源堂：“死亡，什麼也孕育不了。”
01基路議長：“死亡，就給予你們吧！”
話音落下，十二塊墓碑全部消失了，黑暗的虛無中只剩下了碇源堂和冬月。
冬月面色沉重：“談判破裂了啊。”
碇源堂面無表情：“預料之中。”
……………………
6:00
當手機鬧鈴響起來的一瞬間，李曉猛然睜開了雙眼。
此時，李曉正躺在nerv四層的某間臥室中，自從碇司令發布了“禁止所有人員進出本部”的命令後，李曉和美裡他們就睡在了本部中。
鬧鈴是由佩琪控制的，李曉醒了後，鬧鈴就自動停止了。
李曉在床上慢慢坐起身子，神情嚴肅的盯著前方不知名的某處看了一會兒，似乎是在想什麼事情，一點都不像是剛剛睡醒的樣子。事實上，昨天晚上李曉並沒有睡好，幾乎是一夜未睡，因為李曉的“happyend補完計劃”終於走到了最後，最後的終焉之戰即將來臨。
李曉扭頭看了一眼床頭櫃上的手機，張口問：“佩琪，已經開始了？”
佩琪的聲音隨即響起：“開始了。”
佩琪說完，整個nerv突然響起了刺耳的警報聲……
“嗡――嗡――嗡――”