就在此時，靈帝派左豐視察軍情。左豐向盧植索賄，不成。
左豐即向靈帝誣告盧植作戰不利，靈帝大怒，於是盧植就被關入囚車，押送回京城。
之後皇甫嵩北上，朱儁則是繼續與趙弘作戰，而盧植的軍隊則是交給了董卓率領。
就在此時，巴郡又出現了一個五斗米道，不過對於五斗米道的事情，京城並沒有重視。
無論是太平道，還是五斗米道，都是早期的道教。
朱儁擊敗趙弘並殺之，黃巾又換韓忠為主帥，不過依然不敵朱儁，被朱儁圍困在城內。
黃巾士氣低迷向漢軍乞降，但朱儁卻拒絕了。因為他認為如果接受黃巾投降，就會讓他們認為有利時就叛亂，戰事不利就乞降，一旦助長這種風氣對大漢非常不利。
沒有退路的黃巾卻爆發出巨大的戰力，之後連續擊敗朱儁。
見攻城不克，朱儁也知道是因為黃巾沒了退路才這麼強悍，於是他放開了一個包圍的口子，果然黃巾士氣立刻就洩了，朱儁成功攻入城內。
韓忠軍潰逃，朱儁追擊數十里，斬殺萬餘人。
之後黃巾發生內亂，孫夏殺死韓忠取而代之，黃巾因此人心不定。
朱儁趁機進攻黃巾，又斬殺萬餘人以及統帥孫夏，自此宛城一帶的黃巾叛亂被平息。
八月，皇甫嵩到達東郡倉亭，大破黃巾、生擒卜己，斬殺七千多人。
而代替了盧植的董卓在面對張角軍時卻戰事不利，於是他要求皇甫嵩立刻北上支援自己。
不久，張角病死，張梁繼位。
十月，皇甫嵩帶兵到達廣宗，與張梁作戰，首戰沒能取得勝利。
第二天皇甫嵩並沒有發動攻擊，而是出營檢視敵情，他發現黃巾的守備比較鬆懈。
於是第二天凌晨時分，皇甫嵩率軍突襲黃巾，從凌晨戰至下午，大破黃巾。
此戰斬殺黃巾三萬餘人，之後逃至河堤附近溺死的黃巾有五萬人，俘虜無數。
張角也被從墳墓中挖出鞭屍，送回京城。