馮雲山剛回到廣州城沒多久，便收到從芸南傳來的加急軍情快報。
去年底，李開芳率領甲二師一萬餘名將士，陸續佔領了芸南南部的廣南府、開化府、臨安府、芸南府，圍攻昆明城。
羅瓊樹率領甲六師和乙十七旅一萬六千人，陸續佔領廣西州、曲靖府、東川府、武定州和楚雄府等地，同李開芳合圍昆明城。
雲貴總督恆春和芸南巡撫吳振棫領兵一萬五千餘人，加上團練勇壯近萬，合計2萬五千人，緊守昆明城。同時，他們一方面向京師報急求救，另一方面，又向相隔數百里的大理城內的新任芸南提督文祥求援。
芸南提督文祥率領本提標兵和楚雄協，會同鶴麗鎮總兵領著八千餘清兵，剛從大理行軍至楚雄府，攻佔了被討虜軍奪取的楚雄府城，忽然大理髮生回民暴亂。
一名叫杜文秀的回民，在大理城南不遠的蒙化帶領一幫回民發動起義，攻佔了蒙化城，一天之內，大理府境內多處回民起兵響應，杜文秀率領近千名回勇前往大理，趁著大理城內的清兵空虛之際，與各路回民義軍一道，一舉佔領了大理城。
馮雲山看到這裡，不禁一陣苦笑！
這段歷史，他其實是知道的。只不過，這杜文秀率領的回民起義之事，好像提前了。而且，還因為他的原因！
馮雲山仔細一想，還真是跟他下令討虜軍攻佔芸南，搶佔銅礦脫不開干係。
今年初，由於討虜軍一路攻佔芸南東邊的各州府，滇東各州府清軍紛紛逃往芸南府昆明城以及滇西的大理府等地，造成大理府境內等滇西一帶清兵流民為患，本地回民與清兵的矛盾越來越大。
這便為回民作亂起事提供了充分的土壤。
根據李開芳等人傳來的情報，加上自己知道的歷史情形，對於杜文秀此人，馮雲山已經非常瞭解。
此人回族富商家庭出身，他自幼勤奮好學，13歲即通曉儒家典籍，14歲考中秀才，16歲補廩膳生員。但在他22歲那年，他的老家永昌府保山縣發生了一起著名的“保山慘案”！
當時，保山縣城郊的一個村莊裡，有一回一漢兩個少年，唱歌互答，嬉鬧作樂，漢族少年的一句歌詞傷害到了回民的感情，兩人發生口角，接著打起架來。
這本是一件微不足道的小糾紛，但這一小糾紛被漢族的地主幫會勢力“香把會”利用，藉機火上澆油，激化矛盾，挑起了回漢兩族大規模的械鬥。接著械鬥升級，雙方互有傷亡，“香把會”頭目沈聚成手段越來越殘忍，組織人馬下令搗毀了回民的清真寺，放火焚燒了回民的房屋，乘機燒殺擄掠，回民死亡近千人。
緊接著，保山官府與“香把會”勾結，對保山城內的回民進行屠殺，四千多回民幾乎被屠殺殆盡。
杜文秀因在蒙化，躲過一劫，但他全家十五口在這場大屠殺中幾乎全部遇難，未婚妻也被縣令的兒子搶去。
杜文秀進京告狀，朝廷雖派林則徐來處理，卻輕輕放過，敷衍了事。而杜文秀反而因為告狀，被芸南官府所記恨，將之陷害入獄。出獄後，太平天國起義爆發，隨即，南王馮雲山佔領兩廣，整個滿清風雨飄搖。杜文秀就此在蒙化暗自準備反清。
今年初，由於滇東的大部分州府都被討虜軍佔領，原本在滇東開採銅礦的漢族官商被迫遷移，逃至滇西等地，於是，多地發生漢紳霸佔回民銅礦的事情，漢回矛盾急劇惡化。漢族官紳都把持著地方的團練武裝，再加上與官府本又是一體，於是，各地漢族團練焚劫回民村寨，而云貴總督恆春也密令各地“聚團殺回”。
杜文秀一看起義時機來臨，加上大理清軍兵力空虛，便迅速發動起義。