楚軍克復神京，中原清軍全軍覆沒的訊息傳到南都後，崇武天子朱慈炤也是喜出望外，當即傳旨召集文武百官入宮，準備將北伐大捷之事祭告太廟，同時又下旨解除南都宵禁，以示與民同樂之意。
只不過，諸文武百官祭拜過太廟和太祖陵寢後，鴻臚寺卿屈大均和太僕寺卿陳恭尹二人卻借向天子奏對封賞北伐有功將士事宜留在了皇城內。
“陛下，楚王驅逐韃虜，恢復神京，於國朝可謂功勳卓著，即便是中山、開平亦不能及也，只是臣聽說，楚王光復紫禁城時，其麾下將佐……竟給楚王披上了黃袍，跪地山呼萬歲，楚王雖為監國，可諸將行此僭越之事，臣以為確實有些不妥。”
屈大均奏完後，陳恭尹亦復奏道：“陛下，屈部院說的是，所謂名不正，則言不順，陛下是曾下過明旨，百年以後由楚王繼統，但陛下畢竟還是天子，……楚王殿下不制止諸將，這也太……！”
天下沒有不透風的牆，去年年底，楚軍攻入神京，山東剿虜總督趙國祚以及一眾楚軍將佐在乾清宮前給馬仲英黃袍加身的事還是不可避免地傳到了京師，尤其是數萬將士在紫禁城周圍山呼萬歲的情景更是傳遍朝野，乃至於南都的說書先生都編了段子，說馬仲英這是挾收復神京的功勞逼崇武天子禪位。
朱慈炤抬頭定定地看著臉色不忿屈大均和陳恭尹，嘴角斷斷續續蠕動了好一會，才咬牙說道：“朕知道二位卿家是大明忠臣，但滿朝文武皆是馬仲英心腹，況這天下也是人家一刀一槍打下來的，本就該是人家的。”
說到這裡，朱慈炤閃爍的眼神也堅定了不少，長身而起，踏步走到屈大均和陳恭尹面前，將他二人扶了起來，再度開口道：“二位先生不必執著，按道理，我大明在永曆朝覆滅後就亡了，若無楚王，別說復國了，就是這南都城，朕恐怕都進不了，更不要說將先帝和大明曆代先祖的靈位請進太廟了，朕意已決，明日便著中書省擬旨，禪位於楚王，至於朕，便在鐘山腳下結廬而居，悠遊山林，亦能時常陪伴太祖，二位先生若不棄，可與朕同往。”
朱慈炤決定禪位後，就感覺心中的千斤重擔頓時一鬆，他能活到現在，而且還能拿著清廷提供的稟米在餘姚正大光明的教書，這也變相地體現了他的生存智慧，熟讀經史的他認為重歸南都認祖歸宗，重立大明宗廟，他都認為這是得天之幸了，又哪裡敢奢望其他，南唐後主李煜的教訓他又不是不知道，現在他唯一的期盼就是馬仲英能善待朱明宗室。
“……！”
聞言，屈大均和陳恭尹皆是苦笑著搖了搖頭，腦海中浮現出蜀漢後主劉禪在司馬昭的晉王府中所說的那句“此間樂，不思蜀”來，朱家皇帝對皇位都沒半分念想了，看來這大明也確實該亡了，故爾也只能躬身領旨，然後替崇武帝草擬禪位詔書。
屈大均和陳恭尹二人滯留宮中秘見崇武帝的事，在第一時間就傳到了留守南都的左丞相金光祖和錦衣衛指揮使馬三德等人耳中，馬三德生怕陳、屈二人在崇武帝面前進讒，引起皇帝不滿，從而引發雙方矛盾，儘管崇武帝不過是馬仲英豢養在皇宮中的金絲雀，可萬一崇武帝學曹髦，也來個舉兵討逆，那對楚王殿下的聲譽以及改朝換代的合法性也會有很大的影響，故爾當場就令錦衣衛以護衛宮禁的名義包圍皇宮。熟料錦衣衛尚未出發，宮中就傳來旨意。
“朕躬涼薄，幼值傾覆，不得不苟全於餘姚，幸賴祖宗之靈，楚王護佑，方得重歸皇室，復振大明社稷，然仰瞻天文，俯察民心，朱明之數既終，行運在馬氏，而楚王馬仲英者驅逐韃虜，再造華夏，功同太祖，歷數昭明，信可知矣！夫大道之行，天下為公，況朕亦有前旨，楚王為監國，選賢與能，故唐堯不私於厥子，而名播於無窮。朕羨而慕焉，今其追踵堯典，禪位楚王，如此國家幸甚，萬民幸甚！”
馬三德懵了，他雖然知道崇武帝懦弱，可沒想到崇武帝對皇位竟沒半分眷念，那本帥這兵馬還要不要調了？
金光祖和牛天宿等人在短暫的震驚過後也醒悟了過來，然後激動地大喊道：“陛下下旨禪位，馬三德快派人飛書神京，請楚王殿下定奪！”
原本一眾楚系文武將官還以為馬仲英登基稱帝這事，怎麼說也得上演一出逼宮的戲碼，讓他們當一回惡人，可他們卻沒想到朱慈炤如此明事理，居然會主動禪位。
禪位詔書傳至神京後，王復漢和趙國祚等率先勸進的將官都是彈冠相慶，其餘楚系文武將吏也是喜氣洋洋，畢竟楚王登基，他們這幫從龍功臣勢必都會水漲船高，封妻廕子，尤其是原先封國公的幾名重臣，更是幻想著進位郡王，衣錦還鄉。
將乾清宮改成臨時行在的馬仲英卻沒有如金光祖、牛天宿、王復漢等人所想的那樣，直接接受了崇武帝的禪位，而是反覆看過退位詔書後才搖頭長嘆道：“自古得位之正，非我朝太祖莫屬，孤豈敢擅居大位，此詔，孤斷不能接。”
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隨駕的李漢明和郭泰捷都以為馬仲英這是故做姿態，王復漢更是進言道：“殿下，所謂禪讓向來都是三請三讓，要不末將再行書南都朝廷，讓陛下再下聖旨，若此，殿下登基也能名正言順……！”
“不必了……！”
馬仲英長身而起打斷了王復漢的話，開口道：“崇武天子是孤親自擁立的，若行禪讓事，孤豈不遺臭萬年，若天命在孤，孤願為周文王，至於現在，孤願奉天子安居南都，而孤則居神京，代天子穩固北疆邊防！爾等這就傳孤旨意，令中書省及六部九卿轉至京師，留馬三德和秦懷忠鎮守南都。”
聽了馬仲英的話李漢明、王復漢等人皆是恍然大悟，楚王您這豈不是和魏武帝曹操一樣，囚天子於南都，決策於京師，自個不願意承擔篡位的名聲，黑鍋給兒子背，居然還好意思說願效法周文王，這也太不要臉了吧，不過馬仲英話都說道這份上了，諸人哪敢再行勸進之事，只得無奈地接旨道：“臣等遵旨。”
崇武三年八月，在徹底清剿完中原的清軍殘部後，馬仲英在京師頒佈新法《楚律》並下旨遷移各地富戶兩萬三千戶至飽受戰火荼毒的湖廣、廣西、雲南、貴州、四川和福建等地，其目的有兩個，一是對經濟損失不大的省份進行資源的重新分配，二是利用這些富紳恢復戰亂省份的經濟民生，這也就是所謂的移民開荒。
為了保證有足夠的勞力資源對戰亂各省的經濟恢復，馬仲英通令全國，禁止販良為奴，禁止人身買賣。所有富紳不得蓄養奴婢，所養的奴婢一律釋放為良民，以解放勞動力，同時由朝廷為他們分發相應的土地，提供種子、農具等生產必須品，凡因飢餓而典賣為奴者，由朝廷代為贖身。
這道政令和李自成提出的均田制如出一轍，在楚軍強力的推動下這使得朝廷增加了龐大的勞動力大軍。同時，馬仲英還頒發《恢復生產詔》，詔書規定：“因戰亂導致的山匪馬賊，詔旨到日，並聽各還本業，由朝廷劃分田畝，若有負固執迷者，罪在不原。”
躲在山中當土匪會死，走出山林就能得到夢寐以求的良田還有種子和耕具，只要是有點腦子的就會做出正確的選擇，與此同時，馬仲英還要求各地的地方官大力推行紅薯、玉米和土豆等高產作物，並鼓勵他們多養家禽牲畜。