統帥部下屬：陸軍本部，海軍本部，空軍本部，海忍村，輔助軍團。
軍政部下屬：陸軍軍政司，海軍軍政司，空軍軍政司，戰爭軍事學院，三軍本部軍校，忍界五大綜合忍者高等學院，五大專科忍者高等學院。
參謀部下屬：參謀一司，參謀二司，參謀三司，戰功統計司。
【審判院】
下屬司法島，最高法院，司法部，警政部。
最高法院下屬：法巡庭，法官庭，法才庭。
司法部下屬：監獄管理署，改造司，推進城海底監獄，巴爾迪哥白土監獄，以及其他中小型監獄。
警政部下屬：公安司，憲警局，賞金研究署。
【宣政院】
下屬宣傳部，科學院，鐵道部，外務部，歷史研究部，萬界百強戰力大賽主辦部。
宣傳部下屬：新聞署，傳媒署，版權署，榮譽司，漫畫司。
科學院下屬：生化研究院，材料研究院，船舶研究院，鍊金研究院，武器研究院，能源研究院，機械研究院，潛艇研究院，航空研究院，氣象研究院，空間研究院。
鐵道部下屬：列車司，紅土大陸甲鐵城鐵路系統。
外務部下屬：加盟國事務司，非加盟國稽核司。
歷史研究部下屬：學園都市奧哈拉大圖書館，歷史正文處理司。
【CIPHERPOL總部】
下屬CIPHERPOLAIGIS0，CIPHERPOLNo.9CIPHERPOLNo1，冠昊島。
【閻羅院】
下屬黃泉城，冥軍總部，靈子研究院。
管轄海星冥界，卡巴內冥界，鬼滅冥界，巨人冥界，帝具冥界，零魔冥界。
【半官方組織】
御刀齋，名刀鎮，陰陽寮，魔法師協會，冒險者協會，廚師協會。