在大中軍三路大軍攻克北京城之後的兩個多月時間裡，北方形勢飛快的開始變得穩定了下來。
不過雖然肖天健這段時間忙於處理北方的各種政務，卻並未對軍隊放鬆下來，在北京之戰結束之後，京畿一帶的局面逐步開始穩定下來之後，為了減少對後勤方面的壓力，在肖天健的命令下，原第一鎮的左路軍，開始撤離京畿，從居庸關返回到宣大，然後逐步回撤到山西境內。
而第二鎮刁正所部的中路軍，也在結束了北京之戰之後不久，開始一部返回輔南一帶負責清剿輔南一帶殘餘的官軍以及各地的匪患，一部則從滄州進入到山東境內，一方面前往萊州府和登州府接防，並且接過劉澤清麾下的一萬多明軍降兵，對其進行整編，同時沿山東東部南下，逐步清剿山東東部一帶的官軍殘餘勢力和地方匪患。
至於右路軍轄下的第四鎮的兵馬，則立即沿運河南下，返回到南直隸一帶，復歸入石冉麾下，做好下一步南下南方諸省的準備。
而京畿一帶到了八月之後，便僅剩下了劉耀本麾下的近衛第二師和三千擴編的羽林衛，充當肖天健的直屬兵馬，等候下一步的行動，如此一來，便大幅度的減輕了後勤方面的保障壓力，使得北上的漕船，可以轉運更多的糧食，來緩解北方的糧荒問題。
另外肖天健在拿下北京城之後，斟酌再三，在八月間決定，以宣大、順天府、永平府以及山海關外的寧遠，將這一帶的大中軍整合起來，成立了一個專門的北方戰區，暫時自成一鎮，但是以戰區這個稱呼和其它各鎮軍進行區別。
也就是說北方戰區，可能是臨時性的一個編制，今後還可能會被撤銷，原因無他，就是儘可能的統一北方長城沿線的大中軍在這一帶的指揮，一方面負責鎮守北京的京畿一帶，防備建奴軍南下入寇，一方面也防備蒙古人的襲擾，同時積攢力量，做好未來克復遼東以及收復蒙古大草原的準備。
至於北方戰區的總都統，肖天健交給了羅立，但是卻將李凌風從第一鎮軍調整到了北方戰區，充當羅立的副手。
北方戰區的兵力構成方面，除了李凌風麾下原第一鎮軍駐防在宣大的兩個師之外，另外還有羅立麾下駐防在寧遠一帶的超編近衛第一師，同時還將肖天健入京之前，下旨組建的近衛第三師以及吳襄麾下的山海關官軍舊部，全部納入到北方戰區統一歸羅立和李凌風排程。
而近衛第三師，在肖天健下旨之後，李信立即便調派得力人手開始著手組建了起來，並且在短短兩個月的時間裡，就完成了徵兵和組建工作，以大中軍五五編制的老習慣，新編近衛第三師下轄五個滿編戰兵營（步兵營），同時按照肖天健的旨意，又為其編入了一個兩千人規模的加強騎兵營，另外加上一個師屬重炮營和一個滿編輜重營以及一個工兵營，使得新編近衛第三師的兵力達到了一萬人左右的規模。
而這些新兵兵員的來源，則以順天府以及永平府等地的當地民眾為主，卻並沒有收編多少投降的三大營的官兵，原因無他，這個時候的明軍官兵可以說已經是爛透了，雖然降兵之中也不乏一些精壯之士，但是這些人也都早已變成了老兵痞子，身上帶了太多的明軍之中的舊習，再想改變他們，就相當不容易了，一旦將這些兵痞子編入軍中之後，非但不利於提高戰鬥力，相反還會起到很大的副作用。
所以在肖天健的旨意下，這些大明降兵，多被就地遣散打亂安置，令其到各地務農為生，每個人在遣散的時候，還發給了二十兩遣散費和一定量的糧食，省的他們沒錢吃飯，遣散之後又落草為寇，為禍一方。
至於新編第三師的都統，在諸將的提議之下，肖天健將原本在劉耀本手下當副都統的李定國提拔了起來，充任了近衛第三師的都統，其餘的軍官也都是從諸軍之中拔擢起來的大中軍的老部下，其中以講武堂學員出身的軍官為主，撐起了近衛第三師的骨架。
雖然從組建開始，新編近衛第三師組建的時間很短，但是有這幫干將充作骨幹，第三師很快便投入到了緊張的操練之中，短短兩個月時間，便基本上結束了大中軍新兵訓練的科目，初步擁有了一定的戰鬥力，估計最多一年時間這支兵馬在這些軍官們的操練下，肯定也能成為一支兇悍的軍隊，戰鬥力會相當可觀的。
至於鎮守山海關的那兩萬多吳襄麾下的明軍舊部，則在肖天健的指令之下，被改編為了大中軍山海關守備師，歸到了北方戰區的序列之中，暫時繼續留鎮山海關，但是要求北方戰區對其進行一次大規模的整編和重新訓練，增強山海關守備師的戰鬥力，使之在半年之內，成為一支真正能堪大用的兵馬。
但是肖天健卻將彥書亭派至了山海關，充當了吳襄的副手，另外又從各部之中抽調了二百軍官，以及剛剛在講武堂結業的五百講武堂學員也派至了山海關，充入到了這支兵馬之中，以他們重新構成了這支守備師的基層軍官和高層軍官的骨架。
原來吳襄麾下的兩萬多官軍，也就地整編，裁撤掉了其中一批不符合大中軍要求的官兵，但是對這批官兵，畢竟他們都參與了這一次山海關大戰，所以好歹算是有功人員，所以肖天健特許沒有采取像對待一般降兵那樣的就地裁撤的辦法，而是以大中軍退役的待遇，發放給了他們一筆優厚的遣散費，並且每人補發了半年軍餉，令其返鄉。
雖然這些官兵有點不太滿意，但是也無可奈何，更何況大中朝對他們已經算是非常寬厚了，發放的安家費也相當充足，所以值得脫下了軍服，然後離開了山海關，在裁撤不合格兵將的同時，又就地在山海關內的北方難民之中，招募起了一批新兵，充實到了守備師之中，保證了守備師兩萬兵力並沒有下降。
如此一來，整個守備師便發生了翻天覆地的變化，基本上從根子上，重新將其編排了一番，也避免了這些舊官軍形成小的集團。
吳襄因為被繼續留任都統之職，而且也見識到了大中軍的厲害，所以對於這一次的整編十分配合，並且也按照大中朝的命令，解散了麾下的家丁隊，將其編入到了麾下各營之中，一部分表現不錯的直接被派往了南京講武堂進行為期一年的培訓，今後將另行安排，也算是給他的家丁們了一個相當不錯的出路，對此吳襄倒是十分感激。
並且吳襄暗中上奏肖天健，在奏疏之中提出，他以年紀大為由，表示在完成山海關守備師整編之後，他願意辭去都統之職，回到北京城中跟家人一起養老，從此不再幹軍務之事。
吳襄其實是個非常聰明之人，他透過和閻重喜、王承平、羅立、劉耀本這些人這段時間的接觸，發現了大中軍跟明軍的最大不同之處，那就是大中軍的軍制，從根本上限定了這些大中軍兵將，不可能再像明軍那樣，讓軍將擁兵自重，形成大大小小的軍閥集團。