李曉見狀無奈的嘆了一聲，在後面悄悄地推了真嗣一把。真嗣被推著向前邁了兩步，來到了碇司令身前。
碇司令看向真嗣，感受到父親嚴厲的目光，真嗣立馬害怕的低下頭。可是這一次，碇司令卻主動開口了。他對真嗣說：“真嗣，我不在的日子裡，你要保護好大家。”
聽到父親的話，真嗣驚訝的猛地抬起頭，他從沒想到父親會對他說出這樣的話，人生中第一次，真嗣感覺自己終於得到了父親的認同。他的心中立刻燃起勇氣，用力的一點頭：“恩，我會的。還有……父親，你一路保重，我等你回來。”
碇司令最後深深地看了真嗣一眼：“再見。”
然後，碇司令與冬月副司令登上直升機，直升機在螺旋槳的帶動下緩緩升起，向著遠方迅速飛去，漸漸消失在遠處的天際線上。
回去的路上，真嗣的臉上一直帶著難以掩飾的喜悅笑容，他忍不住對李曉說：“父親說讓我保護好大家，這是不是代表父親認同我了呢？”
李曉同樣為真嗣感到高興：“我想應該就是這樣吧。”
雖然碇司令不在，但是nerv的工作依舊沒有停下來，在美裡的統籌運作下，nerv的重建工作進行的有條不紊。但是盡管如此，李曉還是可以清晰的感覺到，在忙碌的工作之外，整個nerv都籠罩在一片迷茫和擔憂的氣氛之下，人們心中都在擔心同一個問題“如果碇司令與政府談判失敗了怎麼辦？”即使是美裡，李曉也有好幾次看見她露出茫然失措的表情，碇司令離開nerv後就音信全無，美裡每天都在擔心政府會再一次突然打過來，她承受著巨大的壓力。
這樣提心吊膽的日子一共過了四天，到了第五天的早晨，碇司令終於回來了，而且他還帶回來一個天大的好訊息――nerv終於澄清了自己的清白。
這條訊息公佈後，整個nerv都鬆了一口氣，人們忍不住歡呼雀躍：“戰爭結束了！”
其實這也算是意料之中的結果，畢竟碇司令本身就是seee的一員，加持先生也曾長期為seee工作，他們兩人的手上都掌握著seee大量的機密情報。
接下來的事情就不需要nerv再出什麼力了，雖然seee是一個甚至可以操控聯合國的無比龐大的秘密組織，但是企圖引發第三次沖擊便已經是全人類的公敵了，現在他們的陰謀已經敗露，等待他們的只有審判和死亡。
接下來的日子忽然變得平靜起來，nerv再次得到政府的支援，大量的資金湧入進來，重建工作進行的如火如荼，人們因為不用擔心政府會再次打過來，所以開始全身心的投入到工作中，整個nerv都籠罩在一片積極向上的氛圍當中。
但其實在這片平靜的外表之下，整個世界卻是暗流湧動，世界上的主要強國都開始心照不宣的清除自己國內的seee勢力，失去了seee的支援，nerv也無法再次獨立於政府之外，中國、美國、德國、英國……各個國家的nerv分部紛紛被政府控制，世界的權力格局開始悄然的發生改變。
外面的事情李曉偶爾會聽美裡講到幾句，不過其實他也不怎麼關心這些，這裡畢竟是動漫世界，世界格局變成什麼樣李曉都不在乎。現在，李曉的“happyend補完計劃”已經算是圓滿成功了，eva的主要人物一個不落的全部倖存下來，真嗣、明日香、美裡、麗，不能說他們已經獲得了幸福，但是至少他們都還活著，未來擁有無限的可能，他們終究有一天會獲得幸福的。
雖然“劇本”已經結束，但是李曉還不打算就這麼急急忙忙的離開eva世界，他希望可以為自己這次“異界之旅”畫上一個完美的句號，有一些願望他還沒有了結。
……………………
這一日，李曉正在收拾房間，房門外卻忽然傳來門鈴的聲音。李曉立馬停下手中的活計，來到房門前，嗤的一聲開啟自動門後，看到站在外面的來客，李曉不禁微微吃了一驚：“碇司令！”
碇司令站在門外，他那張滄桑的臉上帶著隱隱的期待與激動的神色，直接開門見山的對李曉說：“李曉，人類補完計劃，是時候帶唯回來了。”