誅殺了不法惡商、肅清了香料群島的朱肅船隊，開始率領船隊離開香料群島，往西北方向的馬六甲海峽進發。
根據原先議定的計劃，船隊應該穿過馬六甲海峽，在印度洋沿著海岸線前往中亞。然而，在離開香料群島時，船隊遭遇了一場史無前例的巨大風暴。
那是一場足以吞噬天地的風暴，可怕的狂風將烏雲和海水卷集在了一起，足以承載數千人的千料寶船，在這樣可怕的海上風暴裡，就像是一片無力紛飛的敗葉一般，被天地之力給毫不費勁的拋上拋下。
在這樣癲狂的天地偉力之中，朱肅的船隊遭到了毀滅性的破壞，三艘福船在風雨中失去了行蹤，其他的寶船與福船，也因風暴造成了多多少少的損壞。
更為致命的是，長達數十日的海上風暴，使得船隊徹底失去了方向。
在這個沒有衛星定位的時代裡，四周全都是茫茫大海。他們彷彿被拋棄在了茫茫歸墟深處，徹底遠離了既定的航線。
在這種情況下，即便是牽星術也無用了：牽星術的誤差很大，只能夠確定大概的方位，而數十日的不見天日，也使得這份誤差更加被指數級別的擴大。朱肅的船隊已經完全不知道自己身處何方了。
最後，在朱肅和李景隆、鐵鉉的商議下，決定下令船隊往西北方向航行：因為唯一能夠推測的是，他們此時，應該仍在印度洋。
那麼，只要往西北方向航行，就遲早能夠找到陸地的所在。
但……一連幾個月的航行，朱肅的船隊卻仍然沒有看到大陸的影子。彷彿天地之間只有茫茫的大海，他們已經迷失在了這無邊無際的大海之中。
好在寶船上物資充足，數月時間，雖糧草拮据，但倒也無斷糧之虞。最難熬的，卻是遠航所帶來的敗血症。
本來為了預防敗血症，朱肅特地攜帶了大量的罐頭，但卻因為那一場風暴，一大部分的罐頭因劇烈的船體搖晃被打碎。導致了船隊水果罐頭的緊缺。
即使明軍已經有了遠航的經驗，同時在船上培植豆芽等作物來預防敗血症，但仍顯得杯水車薪。再加上航行太久，船上儲存的淡水都開始發臭，在思念家鄉故國之餘，士兵們不得不飲用汙水，一部分士兵還要忍受敗血症的折磨，明軍計程車氣出現了大幅度的跌落。
有賴朱肅的威望，明軍才能夠在這樣幾乎絕望的環境裡繼續向前航行。但饒是如此，船隊仍是發生了一場叛亂，一些士兵的思鄉之情到達了頂峰，他們認為朱肅的決斷是錯誤的，繼續前進，只會讓他們全部死在漫無邊際的大海里，他們要駕駛船隻，原路返回，或許，還能夠再度回到香料群島。
於是，一場分裂爆發了，船隊開始了分裂，這部分士兵劫走了一艘福船，載著近兩百人，離開了大部隊，掉頭駛進了茫茫大海中。
除卻在暴風雨中失蹤的，以及因為敗血症喪生的，整支明軍船隊，原只餘下兩千餘人，四艘戰船。而此時這兩百人再離開，明軍的這支船隊，便只餘下三艘戰船，一千八百餘人了。