他們想，想既然大家無法透過正常方式學會這個木遁，那咱們就靠科學。
於是一群人就愉快的決定了，移植初代細胞試試。
但那個時候大家只把這件事當成了一個美好的計劃，還有著不少的志願者。
只是令人沒想到的是，第一次實驗就達成了團滅，上百位志願者根本就沒有一個人能成功接受初代的細胞。
於是三代立馬叫停，嚴禁木葉再做此毫無人道的實驗。
事情本來到此為止，但木葉高層裡，有一個人不願意，那就是團藏。
團藏是什麼人，他是為了力量誰都可以殺的人，哪能放棄初代木遁這樣的力量。
再加上大蛇丸也想繼續研究，當然大蛇丸研究不是為了木遁，而是為了開發出不老不死的禁術。
可兩人目的雖不同，但是想做的事一樣，因此兩個搞事精一拍即合，大蛇丸繼續研究，團藏給他打掩護提供材料。
後來，是因為大蛇丸和團藏陸續綁架來了村中的忍者，以及周邊小村子裡的嬰兒，使事情的惡劣程度一下到了空前的地步。
這才讓三代發現，並下令格殺大蛇丸。
也就是如此，大蛇丸才不得已叛逃，離開木葉。
但是在叛逃前，三代本來已經圍住了大蛇丸，可三代最終沒狠下心來將自己最喜歡的弟子殺死，大蛇丸從容離去。
也就因此，導致自來也的離去。
本來事情到此為止，大蛇丸跑了其實也就跑了，沒什麼所謂。
可後來大蛇丸再度對木葉上心，純粹是天意弄人。
其實大蛇丸逃跑之前，實驗也接近了尾聲，無數失敗的例子也讓大蛇丸心灰意冷，準備放棄了。
然而令大蛇丸沒想到的是，他跑了之後，最後一批他已經放棄的實驗體居然活下來了一個，而且還被團藏帶走。
而團藏也從大和身上看到了希望，他私下找到大蛇丸，表示合作繼續。
大意是這樣的。
你繼續研究，我繼續給你打掩護，你安心培養你的勢力，到時候我們商量一下，一起幹翻日斬。
大蛇丸自然答應，繼續做起研究，後來的事大家也知道了。
大蛇丸藏起來十幾年，暗自培養勢力，給團藏做了手術，然後到現在覺得時機成熟，跑回來了。
當然，中間大蛇丸跟忍界第一偶像團曉，也有過一段互動，但那又是另一回事了。