“3，2，1！”幾個小孩很有儀式感地倒數完，同時按下啟動鍵。安室透和柯南君也很配合，笑著跟他們一起按下啟動鍵。
半透明的罩子緩緩放下來，座位同時自動幫他們調整成最舒適的躺平角度，將他們完美隱藏在蛋裡後，遊戲啟動。
“歡迎來到這裡，我是本次遊戲助手諾亞方舟，如果你們有什麼問題，都可以來問我。當然，遊戲中如果問我線索，我不會回答的哦～”一道清亮的童音在耳邊響起。
幾人只覺眼前一黑，又一亮，彷彿只是一眨眼的功夫，他們就來到了一個新的世界。
雖然同樣是遊戲，同樣是諾亞方舟 ，但一週目的諾亞方舟生出意識時，他的半身，同時也是他“父親”的澤田弘樹選擇了自殺，他肩負著半身的意願，意圖讓整個日本重生。所以他在那場有眾多商政界大佬子女參與的大型遊戲發布會上，毫不猶豫奪取了控制權。當時的遊戲副本是工藤優作等人聯合製作的，他只是載入了一些額外的內容，增加了一些難度。
而這周目時，他的半身兼“父親”還活得好好的，並且因為某些人和某些原因，曾經一心要日本重生的小少年在接觸了更多後，他將現實看得更加清楚了，也制定了新的計劃，他不再鋒芒畢露，而是學會了蟄伏。由這樣的他一手創造出來的諾亞方舟自然也繼承了他的意志和信念，再加上這一世他的養父不再是辛多拉，根據弘樹的願望，這次的劇本也大幅更改了。
因為，這一週目的諾亞方舟不需要那麼多人知道了，他和他的半身只想跟夥伴們玩一下游戲，順便傳遞一些資訊。
遊戲類似全息，孩子們一進去就發出了驚嘆聲，觸覺很清晰，開場就是一個很真實的世界，帶著科技感，視覺效果拉滿。
伴隨著遊戲助手“諾亞方舟”的解說，大家很快明白了這遊戲要怎麼玩，這是一個冒險＋解謎的世界，他們是主角團，目前正在新手村，他們的身份是偵探團，剛接到一個委託，需要他們幫忙去解決一樁難題。
孩子們很高興，柯南也提起了興趣。提供這個情報的是新手村的一名npc，讓人震驚的是，這個npc很智慧，與他對話時讓人忍不住懷疑他們是不是穿越到了異世界，面對的是另一個世界的真人。
更讓他震驚的是，不止一個npc這樣，柯南君特意去試探了一番，每個npc都有自己的性格和脾氣，有些npc遇到柯南故意的惡作劇笑笑就過了，但有些npc卻會因為他的試探而暴躁，憤怒地將他趕出了門，引得幾個孩子哈哈大笑。
幾個真正的小朋友還只是因為他們與柯南之間的互動感到有趣，但閱歷更為豐富的柯南和安室透就不一樣了，他們明白要做到這一點是多麼的艱難和不可思議，多活了一週目的安室透立刻就猜到了真相，眼中異彩連連。
柯南君還想繼續試探一下，不過性急的孩子們已經等不下去了，拉著柯南就往外沖。
可能是為了增加真實感，前往任務小鎮的路上沒有什麼網遊遊戲裡的傳送陣，只有一輛巴士車。
他們搭著巴士車，好奇地望著窗外徐徐後退的風景。
路上的風景讓安室透有些眼熟，他呼叫了一下諾亞方舟，諾亞方舟在其他人震驚“竟然真的可以呼叫”中應答了他，並按他的要求給他小窗開啟了這個地區的區域地圖。
果然……
安室透確認完畢後，關掉了小窗地圖，若有所思地看了眼開車的司機，司機似有所感的在後視鏡中與他對視了一眼，眼中帶起一絲笑意。
唔……弘樹還真是……
他特意讓他進遊戲，又特意按照群馬縣這個有些微妙的地方來構建地圖，是想跟他說什麼呢？他開始期待。
巴士前進了沒多久，就來到了他們本次的任務地點——曼德拉小鎮。委託人是小鎮的鎮長，他愁眉苦臉地表示他們鎮上出現了奇怪的失蹤案件，在前幾天鎮上失蹤了一名女性，家屬表示對方是在自己家裡失蹤的，失蹤前毫無異樣，對方似乎剛洗完澡，洗完沒多久就失蹤了。
而身為她丈夫的男子表示自己壓根沒有聽到妻子出門的動靜，並且表示自己就坐在客廳裡，肯定妻子沒有出來過。
這件失蹤案一爆出來，整個小鎮的平靜都被打破了。
柯南他們到來的時候，對方已經失蹤兩天了。
鎮長的委託就是希望他們能調查出犯人是誰，找到那名失蹤的女性。
孩子們聽說